Эта бомбейская армия была окружена войсками Махададжи Синдхии в Варгаоне, в 20 км от Пуны. Ее положение было опасным. Но Махададжа Синдхия польстился на обещания англичан признать его независимым от пешвы правителем и заключил с ними Конвенцию в Варгаоне, по которой англичане обязались выдать пешве Рагхунатха Рао и возвратить маратхам все области, завоеванные с 1776 г. Синдхия позволил английской армии уйти в Бомбей. Когда же войско оказалось в безопасности, Совет бомбейского президентства отказался ратифицировать Конвенцию в Варгаоне. Тогда обманутые маратхские вожди объединились в 1780 г. с Хайдаром Али и с низамом. Маратхи и Хайдарабад обязались признать за Майсуром захваченные им территории, а войска Хайдара Али должны были нанести решающий удар в Карнатике и принять на себя основную тяжесть борьбы. Хайдару обещали помощь французы. Так началась вторая англо-майсурская война, «признанной целью которой, – по словам английского чиновника, – было уничтожение английского владычества в Индии».
В 1780 г. Хайдар Али вторгся в Карнатик во главе самой крупной армии, когда-либо действовавшей на юге Индии. Одна часть армии внезапным броском взяла богатый порт Портоново, другая – во главе с сыном Хайдара Типу осадила Аркат. Большой отряд полковника Бэйли был окружен войсками Типу и разбит в сражении при Перамбакуме (Полилоре), а главнокомандующему английской армией Г. Манро пришлось отступить из Кондживерама к Мадрасу. Вскоре пал Аркат. Фактически весь Карнатик оказался во власти Хайдара Али.
Однако присланные из Бенгалии подкрепления во главе с лучшим английским главнокомандующим Э. Кутом, а также соглашение, подписанное с низамом Хайдарабада, по которому Хайдарабад вышел из антианглийской коалиции, получив за это округ Гунтур (ранее захваченный англичанами), изменили ход войны. Кут с суши и английский адмирал Хьюз с моря смогли воспрепятствовать высадке французов, плывших с острова Маврикия. После этого Кут одержал ряд побед над армией Хайдара Али в 1781 г.: при Портоново, Перамбакуме и Шолангхуре.
Начались восстания против Майсура на Малабарском побережье, в Баламе и Курге. Опасаясь союза голландцев с Хайдаром, английские войска заняли голландский центр на юге Индии – Негапатам. Неожиданным ночным штурмом английские отряды взяли считавшуюся неприступной крепость Гвалиур, столицу Махададжи Синдхии. Синдхия вынужден был подписать в Сальбае в 1782 г. договор с англичанами, по которому был признан независимым правителем. Остальные маратхские вожди тоже отказались от борьбы против англичан.
В декабре 1782 г. умер давно болевший Хайдар Али. Его сын Типу Султан в основном продолжал политику отца и считал главной целью своей жизни изгнание англичан из Индии. Он был способным полководцем и умел повести за собой армию.
Однако в самом начале своего правления Типу допустил крупный просчет. Он послал тайный приказ убить ненавистного ему коменданта Беднура Шейх Айяза, бывшего любимца Хайдара. Приказ попал в руки Айяза, и тот, спасая свою жизнь, перешел на сторону англичан, сдав Беднур в январе 1733 г. без единого выстрела бомбейской армии генерала Маттьюса. Потеря Беднура была большим ударом для Типу. Англичанам был открыт путь в самое сердце Майсура.
К счастью для Типу, бомбейская армия была самой слабой из английских армий в Индии, а Маттьюс оказался бездарным и нерешительным полководцем. Заняв беднурскую крепость, Маттьюс и офицеры его армии забрали хранившуюся там огромную казну. Солдаты же ограбили население этого богатого города. В бомбейской армии началось разложение, и Типу, перебросившему к городу все свои силы, удалось взять его измором. Маттьюс капитулировал. Овладев Беднуром, Типу затем вторгся на Малабарское побережье и отобрал у англичан ряд крепостей. В 1783 г. он осадил Мангалур – последний опорный пункт бомбейской армии на Малабарском побережье.