К 1853 г. отношения между Англией и Россией резко ухудшились в связи с началом Русско-турецкой войны.

Визит в августе 1853 г. в Ново-Архангельск британского военного фрегата «Триконмали» и агрессивные статьи в британской прессе вызвали беспокойство у колониальной администрации и в Главном правлении Русско-американской компании в Петербурге. Предвидя, что русские колонии на Аляске в случае войны могут быть уничтожены британским флотом, директора РАК предложили руководству Компании Гудзонова залива заключить пакт о взаимном нейтралитете владений обеих компаний, если военный конфликт все же разразится, тем более что соответствующая статья по этому вопросу (о взаимном нейтралитете) была включена в текст нового арендного соглашения 1849 г. между РАК и КГЗ.

Русские надеялись на успех своего предложения. Дело в том, что фактории и суда КГЗ на северо-западном побережье значительно уступали в военном отношении русским силам на Аляске. Поэтому у директоров британской компании было не меньше оснований опасаться за сохранность своих владений, чем у руководства РАК за судьбу Русской Америки. И действительно, Дж. Симпсон считал безумием втягивание в войну обеих компаний. Он опасался, что хорошо вооруженные суда РАК уничтожат пароходы и форты Компании Гудзонова залива на тихоокеанском побережье. Кроме того, в боевые действия могли быть втянуты воинственные индейские племена, в результате чего пушная торговля надолго пришла бы в упадок. А это бы отрицательно сказалось на экономическом положении КГЗ, и без того шатком.

Деньги оказались всемогущи! По всему миру, на Черном, Балтийском и Белом морях, англичане нападали на русские порты и даже на Соловецкий монастырь. Английский и французский флоты совершили два похода против Петропавловска-Камчатского. Английские корабли разгромили несколько факторий РАК на южных островах Курильской гряды. А вот на севере Америки была тишь да благодать.

В соответствии с заключенным в марте 1854 г. соглашением Русская Америка оставалась нейтральной и только формально находилась в блокаде со стороны британского флота. Установить фактическую блокаду британский флот не мог из-за огромного протяжения морских границ российских колоний. Но при этом суда РАК могли захватываться в открытом море. Кроме того, нейтралитет не распространялся на фактории Российско-американской компании на азиатском побережье Тихого океана.

О заключении пакта о нейтралитете в русских и британских колониях узнали с опозданием на несколько месяцев, когда там уже было известно о начале военных действий между двумя державами. В связи с началом войны губернатор Дж. Дуглас на острове Ванкувер предложил на всякий случай вооружить наиболее лояльных из местных индейцев для отражения предполагаемого десанта русских. Беспокойтсво англичан усиливали слухи о русских крейсерах-рейдерах, появившихся якобы у берегов Калифорнии.

А администрация Русской Америки и вице-консул России в Сан-Франциско, ничего не зная о пакте между РАК и КГЗ о взаимном нейтралитете и опасаясь нападения эскадры союзников на российские колонии в Америке, пошли на заключение фиктивного соглашения о продаже имущества и владений РАК одной из калифорнийских компаний в Сан-Франциско за 7,2 млн. долларов. Но после получения достоверных сведений о заключении пакта о взаимном нейтралитете владений РАК и КГЗ это соглашение было аннулировано. Естественно, обе компании остались довольны соглашением о нейтралитете, особенно РАК, что отмечалось как в документах компаний, так и современными историками.

После окончания войны в деятельности русской и английской пушных монополий возникли новые сложности. Падали доходы от добычи пушнины и количество приобретаемых шкурок, и прежде всего – у Компании Гудзонова залива. Уже в мае 1856 г она вынуждена была заменить арендную плату РАК (2000 выдровых шкур) денежной компенсацией в 1500 фунтов стерлингов. Открытие в 1858 г. золотых россыпей в долине реки Фрейзер в Британской Колумбии вызвало наплыв старателей, что подорвало пушную торговлю КГЗ в этом регионе. Тем не менее она пошла на продление контракта об аренде материковой полосы Русской Америки до 1 января 1862 г., то есть до истечения третьего срока монопольных привилегий РАК.