На берегу Невы процессию ожидал обитый черным фрегат. На этом фрегате и других судах все переехали к еще неотстроенному Петропавловскому собору. Между берегом и собором были расставлены солдаты, освещавшие факелами темноту. Тело опустили в могилу, причем пастор сказал небольшую речь. Так как гроб оставили под открытым небом до окончания возведения свода, то к могиле был приставлен почетный караул, после чего все возвратились во дворец царевича, где был приготовлен холодный ужин.

Постоянную заботу об осиротевших детях царевича Алексея проявляла Екатерина Алексеевна, супруга Петра I. Желая чаще их видеть, она перевезла их к себе, в Зимний дворец. Детские годы Натальи и Петра проходили в тесном семейном кругу, среди приближнего окружения императрицы.

Ближайшими друзьями детей кронпринцессы Шарлотты были великая княжна Наталия Петровна, младшая дочь Петра I, а также княжна Александра Александровна, дочь светлейшего князя А.Д. Меншикова. Они катались по аллеям летнего сада на особой тележке с маленькой лошадью, подаренной им. Их охотно принимали у себя герцогиня Мекленбергская и ее сестра, царевна Прасковья. Своего отца, царевича Алексея Петровича, дети видели редко: ему приходилось много разъезжать по стране, выполняя поручения отца.

Царевич в 1716 году, подстрекаемый своим ближайшим советником, яростным защитником старины боярином Кикиным, бежал под чужим именем за границу. Алексею внушали идею получить престол при военной помощи враждебных России государств. С большим трудом августейшего беглеца удалось возвратить домой, и его участь была решена.

Этот трагический эпизод русской истории петровской эпохи талантливо запечатлел выдающийся российский художник Николай Николаевич Ге в картине «Петр I допрашивает царевича Алексея Петровича в Петергофе». Встреча отца и сына, изображенная на полотне, произошла в один из майских дней 1718 года в Петергофском дворце. Автор показал здесь кульминационный момент взаимоотношений отца и сына: именно в эти минуты решалась судьба царевича Алексея. царь перед встречей прочитал показания любовницы своего сына – Ефросиньи, бежавшей с ним за границу. Вернувшись в Россию, она вскоре родила ребенка от царевича Алексея, находясь уже в крепости. Для нее начались новые допросы и новые пытки. На допросе «с пристрастием» она рассказала все о замыслах возлюбленного и его сторонников из числа духовенства, старой боярской аристократии.

Процесс над царевичем Алексеем и его сторонниками отразил ту острейшую борьбу вокруг прогрессивных и масштабных преобразований Петра I, которые во многом определили последующее развитие России. Великий реформатор, человек огромной энергии, большого ума, решительно боролся против всего, что мешало его деятельности, осуществлению его замыслов. В своем фундаментальном труде «история России с древнейших времен» С.М. Соловьев писал: «Время, нами описываемое, есть время тяжелой и кровавой борьбы, какая обыкновенно знаменует великие перевороты в жизни народов…» И здесь же продолжал: «Не удивительно, что страшный переворот, который испытывала Россия в первую четверть XVIII века, внес разделение и вражду в семью преобразователя и повел к печальной судьбе, постигшей сына его, царевича Алексея Петровича».

Еще в день похорон Шарлотты, 27 октября 1715 года, царевич Алексей получил от отца письмо, в котором тот строго предупредил сына: если он не изменит свое поведение, то будет лишен права на наследие престола.

В начале февраля 1718 года царевич Алексей прочитал в Успенском соборе перед крестом и Евангелием клятвенную запись об отказе от наследия российского престола и подписал свое отречение. Об этом государственном акте сообщалось в специальном рескрипте от 6 февраля того же года.