Положительно отзывался о Федоре лишь патриарх Иов, который видел в нем разумного политика и образец государя. Все остальные современники и особенно иностранцы были беспощадны к новому царю. Английский посол Флетчер писал: «Царь прост и слабоумен… мало способен к делам политическим и до крайности суеверен». Папский нунций Поссевино писал об идиотизме царя, граничащем с безумием. Польский посол Лев Сапега, вернувшись из Москвы, заявил на сейме: «Напрасно говорят, что у этого государя мало рассудка: я убедился, что он вовсе лишен его».

При царе Федоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его…»

Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 г. царь Иван казнил последнего конюшего – князя А.Б. Горбатого-Шуйского – и упразднил чин конюшего. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 г. боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 г. и в апреле 1586 г. Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 г. в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.

Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Федора окольничий князь Д.И. Хворостин получил чин боярина, а его брат Ф.И. Хворостин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 г. боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 г. чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешнин – человек, преданный Борису Годунову. В 1584 г. чин окольничего получил князь Петр Семенович Лобанов-Ростовский, приближенный Годуновых. В 1585 г. боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.

Однако с воцарением Федора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 г. боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года – Дмитрий Иванович Шуйский.

В 1584–1585 гг. в Боярской думе оказалось и много сторонников Шуйских. Так, в 1584 г. из окольничих в бояре попал Ф.В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В.В. Головин.

С началом царствования Федора Шуйские получают богатые кормления и земли. И.П. Шуйский был пожалован в кормление Псковом, «обеима половинами и со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не давывал государь», и Кинешмой – «городом великим на Волге». Боярин В.Ф. Скопин-Шуйский удостоился «великого государева жалования» – кормления городом Каргополем. Кравчий Д.И. Шуйский получил «в путь» город Гороховец «со всеми крайчего пути доходы». Шуйские присоединили к своим родовым суздальским вотчинам земли своего родственника князя А.Б. Горбатого, конфискованные еще во времена опричнины.