Успех вскружил голову белому казачеству, и часть его, считая, что задача уже выполнена, разошлась по своим станицам.

16 января красные части вновь с запада начали теснить белых, и под этим нажимом враг безудержно покатился назад на свою базу – Оренбург. К этому времени подоспели головные отряды Ташкентской Красной гвардии, дошедшие до ст. Донгузская (23 версты к юго-востоку от Оренбурга). Стойко перенося потери, не страшась того, что белые неоднократно пытались перерезать в тылу железную дорогу, красногвардейцы перешли в наступление на Оренбург с юго-востока, стремясь к охвату противника. В стане белых при первой же неудаче воцарилась паника. Дутов не сумел даже организовать правильного отхода, и только около 1000 человек (главным образом офицеры) ушли из Оренбурга, по двум направлениям – на Верхне-Уральск и на Уральск. В ночь на 18 января ташкентские красные части соединились с Бузулукским отрядом в Оренбурге. Преследования отошедших в эту же ночь белогвардейцев организовано не было и на этом закончился первый период боев на Оренбургском фронте. В ряды туркестанских бойцов влились части красных отрядов, пришедших из Советской России. К этому времени завязалась борьба на других фронтах.

В последних числах января 1918 г. со стороны контрреволюции была сделана попытка использовать возвращавшиеся из Персии с оружием в руках казачьи части царской армии. Первый эшелон их был разоружен под Каганом в целях предупредить опасность, по возвращении в киргизские степи, вооруженного столкновения и расправы с киргизами. Основная масса эшелонов под Самаркандом была спровоцирована на выступление, но встретила отпор со стороны наспех сколоченных железнодорожных отрядов. На поддержку к ним был брошен отряд Красной гвардии из Ташкента. К моменту подхода отряда казаки потеснили железнодорожников и уже ворвались в Самарканд. Столкновение прибывших красногвардейцев с противником произошло 4 февраля у станции Ростовцево. Разбитые наголову казаки сдали оружие, и Самарканд был очищен от белых. Русская контрреволюция была на время задавлена. Назревала борьба с «автономным правительством Ферганы».

Начались вооруженные столкновения, причем количественный перевес был на стороне автономистов. Положение красных ухудшалось и тем, что в глазах большинства коренного населения «Кокандское Правительство» и соввласть являлись не классовыми врагами, а национальными. Местное население не было в состоянии различить разницы во власти русских капиталистов-колонизаторов и власти пролетариата, ведущим борьбу как со своими капиталистами, так и с буржуа – эксплуататорами национальностей Туркестана. Необходимые же меры, рассеивающие это убеждение, своевременно не были приняты, и представители объединившейся русско-мусульманской буржуазии, пользуясь этим, разжигали через своих агентов и мулл религиозный фанатизм и национальную вражду.

Усиленно готовившийся противник произвел скупку оружия и снаряжения, главным образом у развалившихся царских полков. В состав кокандской белой армии были включены разбойничьи шайки отдельных курбашей. Конокрады и грабители – Ахун-Джан, Хал-Ходжа, Иргаш – со своими шайками стеклись в Коканд, по дороге вступая в борьбу с отрядами Красной гвардии, разоряя и громя мирное кишлачное население.

Первое крупное столкновение с басмачами разыгралось в января месяце в районе кишлака Ташат (вблизи Коканда). Тогда же басмачами был произведен налет на сам город Коканд.

Постепенно силы врага увеличивались, и к началу февраля Старый город Коканд был целиком захвачен автономистами. Красные части занимали новый город, засев в крепости и привев в оборонительное состояние железнодорожную станцию. Во главе обороняющихся стал председатель Совета т. Бабушкин.