В то же время эта экспедиция выявила целый ряд организационных недочетов, а равно и неналаженность снабжения и транспорта; кроме того, сказалась недостаточная подготовка бойцов для работы в горной обстановке.

Части экспедиционного корпуса, в силу оторванности от базы, плохих дорог, неналаженности снабжения и отсутствия дензнаков, вынуждены были жить реквизицией. Это вызвало недовольство жителей, которым воспользовались эмиссары эмира, беки и муллы, поднявшие народ против русских. Восстанию коренного населения сильно способствовало влияние панисламистов, сторонников Афганистана. Все это повело к развитию бандитизма и к целому ряду восстаний в Восточной Бухаре. Недостаток питания, большие потери в боях и от малярии вынудили командование в сентябре постепенно отводить части экспедиционного корпуса в район Душанбе для отдыха и приведения в порядок. Но и здесь войска оказались в чрезвычайно тяжелом положении в отношении продовольствия и размещения.