Первая мировая война. Станислав занимает пост начальника штаба Лембергского района в 3-й австрийской армии, а уже с сентября, становится начальником штаба корпуса. С сентября 1915 года – командир артиллерийского полка.

Станислав был приятелем австрийского императора Франца Иосифа и имел связи и влияние в правительстве. Имея украинские корни, он вместе с братом Андреем отстаивал украинцев. Однако, у Станислава Шептицкого были и польские друзья, которые предложили ему командование польскими легионами. А затем, после окончания первой мировой, Станислав командовал вооруженными силами Польского королевства. Вскоре он подал в отставку, не согласившись с условиями Брестского мира, по которым ряд польских городов отошел к Украине.

В период советско – польской войны  1919 – 1920 года С, Шептицкий успешно командовал Белорусско – Литовским фронтом и отогнал большевиков за реку Неман.

22 июня 1922 года польские войска, возглавляемые Шептицким, заняли Силезское Катовице. Ему пришлось сменить генерала дивизии Розвадовского, на посту начальника польского генштаба. Он не был солидарен со своим братом в отошении критики польских военных, жестоко расправляющимися с украинцами в Галиции, и в знак протеста взял непродолжительный отпуск.

Из-за конфликта с главнокомандующим Пилсудским увольнялся летом 1920 года из действующей армии, но продолжал службу в качестве военного инспектора. С приходом Пилсудского к полной власти стал его ярым оппозиционером и с июня по декабрь 1923 года руководил военным министерством Польши.

Неприязнь к друг другу и постоянные конфликты с маршалом Пилсудским побудили Станислава Шептицкого вызвать на дуэль Пилсудского в мае 1926 года, но последний не принял этого вызова, и Шептицкий в очередной раз подал в отставку. Уйдя из армии он стал президентом нефтепромышленников Польши.

В период оккупации Польши во второй мировой войны он не был участником сопротивления. В конце войны 78-летний генерал вступил в ряды Армии Людовой.

В марте 1923 года Совет послов великих держав: Англии, Италии, Франции и Японии принял в Париже решение об аннексии Восточной Галиции Польшей. Премьер-министр Польши Владислав Сикорский заявил в сейме, что Львов и Восточная Галиция будут навеки вечные принадлежать Польской Державе. Известный французский писатель Ромен Роллан назвал это решение Совета послов «одним из жестоких актов беззакония, из которых состоят договора 1919 года.

Андрей Шептицкий возвращался в сентябре 1923 года из США в Галицию. На польско – чешской границе его вагон отцепили от поезда и депортировали в Познань, где митрополита продержали две недели в неволе, пока Папа Пий XI не выразил польскому правительству решительный протест. Правительство и министр внутренних дел Польши боялись украинских демонстраций в честь возвращения митрополита. О Шептицком знала уже вся Европа и Новый Свет.

В 1930-х годах польское правительство стало разрушать православные церкви на Волыни, Полесье и Холмщине. Митрополит обратился, в одном из посланий, к христианам всех обрядов: «Братья, братья! Заклинаю вас Богом живым: бросьте всякие проклятия и всякую злобу! Не кляните, а благословляйте! Деточки, любите друг друга, как Христос любит Вас!»

В 1933 году митрополит организовывает сбор денег для голодающих Восточной Украины. В 1936 г. он оглашает свое послание Всечестному духовенству: «То, что Вам говорю, знает весь мир, это же факт, подтвержденный сотнями немцев, французов, американцев, что на Украине от голода погибло более трех миллионов людей, или то, что большевики объявили войну крестьянам, или то, что на Соловках гибнут тысячи и тысячи наших земляков. Этих фактов никто не опровергает, они обнародованы и в европейской и в американской прессе!»