Миллионы лет здесь был теплый и влажный климат, растения достигали свыше 40 метров высоты, среди них выделялись гигантские плауны и хвощи. Для природы нашего края были характерны заболоченные участки, мелководье, озера и внутренние моря. Ученые считают, что в середине каменноугольного периода палеозойской эры территория наших мест была залита таким теплым морем. К концу каменноугольного периода палеозоя вся территория былого водного бассейна поднялась, и море покинуло наши края. Климат стал суше и жарче. Сто тысяч лет назад в нашем крае, как и на всей территории Новгородско-Тверского региона, наступило резкое похолодание, после которого началось оледенение. Весь северо-запад Русской равнины покрылся материковым льдом, толщина льда достигала двух километров. Так продолжалось около 80 тысяч лет, затем ледник стал таять, постепенно уходя на север. Льды, отступая, сглаживали одни участки гор, углубляя другие. Многие озера Бологовского края имеют ледниковое происхождение, за последние 10 тысяч лет некоторые из них превратились в красивые верховые болота, нередко с многочисленными островами.
Бологовский край имеет ландшафт «низменных песчаных равнин с древними дюнами, сфагновыми болотами и сосновыми лесами». Отроги Валдайской возвышенности, разнообразный рельеф, многочисленные озера, реки, полуречки и речушки, таинственные протоки… Смешанные леса вперемежку с борами – и все это в самом сердце России, меж двух столиц. Далеко за пределами новгородских и тверских земель известны такие названия, как «Бологое», «река Березайка», «озеро Пирос» с заливом «Прикол», «река Мста».
В центре пространства между Валдайской возвышенностью и Мстой находится возвышение, в покатых неглубоких складках которого спрятались и притихли многочисленные озера, одно из которых озеро Бологое. Рядом небольшое озеро Коломинец, из которого вытекает речушка Коломенка (народное название Дороганка). Она пробегает мимо деревенек Денисовой Горки и Озеревичи, затем устремляется на север к одному из крупнейших озер округи и области – Кафтино. При строительстве железной дороги Петербург – Москва трасса будущей магистрали была поделена на два больших участка (директории), их границей было не сельцо Бологое, а речушка Коломенка. До середины ХIХ века она носила одноименное с озером название.
Почти строго на север, восточнее озера Кафтино, проходит река Мста – это естественная граница края на востоке. Сразу за ней начинаются земли удомельские, вышневолоцкие, по климату и почвам сходные с бологовскими.
Многие из приезжих замечают необычайную ауру бологовского края, особенно в районе озера Пирос, не случайно в ХIХ веке многие бароны, князья и графы, выдающиеся ученые, поэты и писатели имели усадьбы, имения или просто дачи в нашем крае.
Благоприятный климат, водные пути сообщения, обилие рыбы, дичи, зверя, безопасная озерно-речная и болотная глухомань – всё это привлекало людей в наш край. В то же время озерно-речная система позволяла иметь удобные входы и выходы по рекам Березайке, Валдайке, через озеро Пирос на озеро Валдайское, на Мсту, затем Волхов и озеро Ильмень до Балтийского (Варяжского) моря. Это способствовало раннему заселению территории с последующим ее освоением после отступления ледников.
Важный вклад в изучение природы окрестностей Бологое внесла Бологовская Пресноводная биологическая станция, которая размещалась и функционировала с 1897 по 1912 годы на берегу Медведевского плёса озера Бологое. В «Материалах к изучению болот и торфяников озерной области» ученый – болотовед В. Н. Сукачев (будущий академик) писал, что в исследованной части бологовской озерной области большинство болот произошло путем зарастания озер; заболачивание же суши является гораздо более редким способом образования болот в этой местности. Бурение скважин на берегу оз. Бологое показало, что под слоем песка в 30 см находится торф с интересными растительными остатками. Обнаружены два слоя торфа: ольшаниковый и настоящий лесной торф. Особенный интерес представляет водяной орех (особенно его много обнаружено в озере Азеровки с глубины 1,45 – 1,60 м). Лишь в торфянике на берегу оз. Бологое найдены остатки корней дуба, говорящие о большем распространении дубрав в окрестностях Бологое. Ученый делает вывод: во время жизни водяного ореха и дуба в нашем крае климат был более теплый, чем теперь. Причину вымирания этих теплолюбивых растений он увязывает с ухудшением (похолоданием) климата и почвенных условий. Сколько-нибудь энергичных процессов зарастания озера Бологое не наблюдается. Но некогда уровень озера стоял ниже, чем теперь (1903 г.), однако было время, когда он стал даже выше нынешнего, и лишь в последнее время он снова пал, но не до прежней степени. Колебания уровня озера Бологое.