Гитлер 13 марта приказал, чтобы примерно за четыре недели до начала операций были решены все вопросы командования. В районе оперативного развертывания в качестве командных инстанций находились штаб 18-й армии и штаб группы «Восточная Пруссия». Командование группы армий «С» 1 апреля 1941 года получило обозначение группы армий «Север», и ему было поручено руководство северным участком Восточного фронта. Штаб 22 апреля прибыл в Эльбинг и принял командование над дислоцированными здесь боевыми частями.

Боевой состав к этому моменту выглядел следующим образом:

Группа «Восточная Пруссия» (штаб-квартира в Бартенштейне)

II армейский корпус (штаб-квартира в Гумбиннене[6])

32-я, 121-я пехотные дивизии.

X армейский корпус (штаб в Хетберге)

122, 123, 126, 206, 253-я пехотные дивизии.

18-я армия (штаб в Кенигсберге)

I армейский корпус (штаб в Кенигсберге)

1, 11, 21, 254, 290-я пехотные дивизии.

XXVI армейский корпус (штаб в Тильзите[7])

61, 217, 269, 291-я пехотные дивизии.

Штаб XXXVIII укрепрайона (штаб-квартира в Эльбинге)

Штаб XXIII укрепрайона (штаб-квартира в Мариенбурге[8])

4-я танковая группа (штаб-квартира в Алленштейне)

1-я, 6-я танковые дивизии.

Командующий 101-м тыловым районом (штаб-квартира в Штаргарде)

207, 281, 285-я охранные дивизии.

Группа армий в середине апреля 1941 года насчитывала 16 пехотных дивизий, 3 охранные и 2 танковые дивизии. Район дислокации охватывал Восточную Пруссию и глубокий тыл Данцигской бухты. Отрезок границы длиной 230 км охраняли 4 пехотные дивизии. Вводимые кроме них в действие соединения располагались далеко от границы. У них к границе были выдвинуты лишь полевые караулы и патрули.

Кроме того, были усилены части, дислоцированные в Восточной Пруссии. Новые армейские соединения прибывали из рейха и выдвигались на фронт. Увеличивались силы пограничной охраны. Участки ответственности дивизий по фронту сокращались. В середине июня войсковая группа усилилась на 6 корпусов, 3 крепостных гарнизона, 20 пехотных, 3 танковые, 3 охранные, 2 моторизованные дивизии и 1 дивизию СС.

Предназначенные для поддержки группы армий части люфтваффе подчинялись 1-му воздушному флоту (штаб-квартира в Норкиттене). Штаб I авиакорпуса руководил авиационными частями. Помимо того, в воздушный флот входили 4 полка связи ВВС и 3 противовоздушных полка. Авиационные подразделения в соответствии с планом были распределены по всей группе войск, в то время как эскадрильи разведки и связи были выделены для взаимодействия с обеими армиями и танковой группой.

Военно-морские силы во второй половине июня начали занимать исходные позиции. Командующий отрядом крейсеров был ответствен за постановку минных заграждений, применение подводных лодок и торпедных катеров, а также нес ответственность за мероприятия по воспрепятствованию прорыва русских военно-морских сил с Балтийского моря. Взаимодействие с финским флотом было установлено во время одного из совещаний 6 июня. Командир флотилии торпедных катеров в качестве командира германских военно-морских сил в Финляндии прибыл в Хельсинки, откуда должен был руководить военными действиями в Финском заливе.

Военные приготовления и сосредоточение крупных германских сил вдоль западной границы Советского Союза, само собой разумеется, не прошло незамеченным для правительства в Москве. Верховный Совет 1 августа 1940 года издал распоряжение о Плане государственных резервов и запасов для мобилизации. Это ежегодно проводимое мероприятие – после занятия Прибалтики и северной Буковины – в 1940 году полностью проходило под знаком надвигающейся военной угрозы.