Иван Подкова, выборный атаман запорожцев и охочекомонных, ломавший подкову двумя пальцами одной руки, совершил с казаками несколько походов на Черное море, набрал авторитет и силу и тут же был загнан Краковом в очередную молдавскую ловушку. В 1577 году казаки Подковы разгромили большое турецкое войско на реке Прут и даже заняли Яссы, столицу Молдавии, турецкого вассала. Казачье войско также понесло потери, и новоизбранный король Речи Посполитой Стефан Баторий заявил султану, что Подкова действовал самовольно. Баторий по приказу магнатов и нобилей Речи Посполитой должен был воевать в Ливонии с Московским царством и ему нужен был спокойный юг. Турцкий султан милостиво пообещал не нападать на Польшу, если король накажет казаков. Баторий приказал Подкове вывести казачьи полки из Молдавии, обманом под свое честное слово заманил его в Немиров, арестовал, провел обычную в Польской Короне имитацию суда и быстро казнил во Львове, со всего размаха вбив первый кровавый клин между шляхтой и казаками, не ожидавшего подобного вероломства. Украина все же услышала последние слова бесстрашного Ивана Подковы перед казнью, долетевшие до нее только через Европу:

«Панове, я приведен на казнь и не знаю за что, потому что не знаю за собой никакой вины, которая бы заслуживала такой кары. Знаю только, что я всегда боролся против врагов христианства и всегда воевал за пользу для нашей Отчизны. Теперь я должен умереть, потому что так приказал поганый пес турок вашему королю, своему слуге, а ваш король палачу».

Казаки поняли, что их пытаются использовать как пушечное мясо на самом высоком королевском уровне и, конечно, не захотели таскать каштаны из огня для нобилей и магнатов ценой своей жизни. Количество уходивших на Низ удальцов резко возросло, и совсем скоро Речь Посполитая впервые услышала слова о славном Войске Запорожском.

Стефан Баторий, правивший в 1576–1586 годах, попытался опять возглавить казачество и составил новый реестр, в котором разделил казаков на шесть полков, более тысячи воинов в каждом. Король дал казакам свою старшину и свой суд, утвердил их старшого-гетмана, которого они выбирали на войсковом кругу. В 1578 году казачьей столицей стал городок Трахтемиров под Каневом, где был построен госпиталь и хранился арсенал. Реестровые полки встали в Киеве, Белой Церкви, Корсуни, Баре, Черкассах, Константинове, Чигирине, Ямполе, Брацлеве, Виннице, Умани, Фастове, Лубнах, Переяславле, Чернигове.

Король Речи Посполитой выиграл долгую Ливонскую войну у московского царя и тут же резко сократил казачий реестр, попытавшись перевести тысячи бойцов в крепостных крестьян. Баторий почему-то забыл, как магнаты любили повторять, что нельзя заставить волка пахать пашню, потому что он не для этого предназначен. Выписанные из реестра казаки не пошли, естественно, в рабы к ополоумевшей от жадности шляхте, а двинулись на Запорожскую Сечь, где выбрали себе кошевого атамана, под началом которого собралось около двадцати тысяч доблестных воинов. Королевских посланцев, приезжавших за казацкой свободой, без долгих разговоров топили в Днепре. Скоро вся Речь Посполитая хорошо знала, что Сечь – это неприступное место, на котором казаки вырубали, секли лес, из которого ставили просмоленный и заостренный частокол на высоком земляном волу, периметром до одного километра.

Казацкий лагерь-кош на днепровском острове уничтожать было бесполезно: казаки легко бросали тростниковые курени и дерновые землянки и строили Сечь в другом месте. Новый кош быстро окружался валами с частоколами и пушками. На островной пристани устанавливался паром и всегда находилось множество лодок, дымили кузницы и мастерские, шумели торговые палатки, сновали причудливо одетые запорожцы в лихо заломленных шапках с красным верхом, знаком казацкого достоинства, уходили сторожевые разъезды в степь и новые хлопцы распределялись по большим длинным сараям-куреньям на двести человек.