Пастырство есть основной узел к разрешению всех христианских проблем. Вопрос о пастырстве вырастает в первостепенный вопрос Церкви и христианского государства. И едва ли прозвучит неправдой, если мы скажем, что только должное решение его даст надежду, что наконец мгла, облегающая наше Отечество, рассеется, Церковь и христианское государство прочно станут на свои исторические устои…»
Отец Роман не скрывал своего отношения к духовным проблемам Братства, как он их видел, не пытался выстроить «лояльных» отношений с братчиками в ущерб христианским принципам, но, наоборот, попытался публично указать на их недостатки, чтобы тем вернее найти путь к их исправлению. Священнику было не по душе, что самой формой устроения Братства и установками его руководителя у людей была отобрана свобода нравственного поступка, возможность относиться ко всякому человеку по-христиански, вне зависимости от того, является ли он или нет членом Братства. Не по душе было и то, что жизнь в Братстве устраивалась на условиях лидерства одного человека, председателя Братства, которому было выгодно держать остальных в некотором невежестве, не давая им права на свои собственные воззрения. Прискорбным было и то, что руководитель Братства не испытывал ревности относительно исполнения церковного устава, например поста. Но, не желая показать свою слабость перед подчиненными ему членами Братства, он оправдывал себя казуистическими рассуждениями с ложными ссылками на Священное Писание, чтобы иметь возможность и самому не поститься, и подталкивать к тому же других. Свободное обращение с церковным уставом и ничем не оправданное отступление от него приводило к душевному и телесному расслаблению членов Братства.
В 1902 году отец Роман, в соответствии с уставом Крестовоздвиженского трудового братства, подал в общее собрание всех полноправных и приемных его членов заявление о религиозно-нравственной стороне жизни Братства. В нем он попытался ответить на кардинальные для Братства вопросы: «Сознательно ли православно Братство? Насколько Братство восприняло истины православия? Каково в Братстве братское общение? Каков в Братстве труд?»
Особенно поразило отца Романа нехристианское отношение к людям, не состоящим в Братстве. «В отношениях к „не братьям“, – писал он, – рекомендуется жесткость и бесчувственность через принципиальное отвержение необходимости для себя частной благотворительности. Это показывает, что „высшая систематическая благотворительность“ Братства – мертвая умственная выкладка для замаскирования своего эгоизма и скупости, а не составляет истинной потребности Братства на основе жалости к человеческому горю. <…> Отсекать от себя частную благотворительность – значит <…> отсекать от себя питающие соки живого чувства, значит застраховать себя от возможного сознания своих ошибок и мертвости своего дела через встречу с истинной человеческой бедой».
Отец Роман заметил руководителю Братства Н. Н. Неплюеву, что тот сознательно держит членов Братства в невежестве. «Усвоения православного учения почти нет, – писал он. – Первоначальное научение в начальной школе и то же первоначальное научение в низших сельскохозяйственных школах при одном-двух уроках в неделю и только – этого времени для приобретения полноты учения Церкви крайне недостаточно. Так дело обстоит в школах. В Братстве еще хуже. <…> Учредитель Братства не желает большого умственного развития для членов Братства; он прямо боится его и считает излишним…»
Эти общие установки Братства создавали тяжелые отношения между членами Братства и служившими здесь священниками – ни один из них не смог прослужить в Братстве в течение сколько-нибудь продолжительного времени. Столкновения с жесткими порядками Братства подтолкнули отца Романа к тому, что он вынужден был определить четко для себя самого, каким он видит образ христианского пастыря, что считает идеалом и от каких христианских принципов считает невозможным отказаться. Его церковные представления о месте пастыря в приходе и принципы, которыми руководствовалось Братство, оказались в непримиримом противоречии.