Из артиллерийского вооружения к июню 1941 г. были поставлены в полном комплекте две башни главного калибра, часть мелкокалиберных зенитных автоматов и боекомплект к ним. Для ввода в строй комплектных башен главного калибра потребовалось вложить очень много труда, и в 1941 г. они были оснащены только вспомогательными механизмами, главные механизмы удалось ввести в строй лишь в 1943 г.

В мае-июне 1941 г. под разными предлогами начали уезжать в Германию немецкие специалисты, руководившие достроечными работами. В июне 1941 г. фон Баумбах последним пересек границу за несколько часов до начала войны.

К июню 1941 г. экипаж крейсера, составленный из командиров и матросов, направленных с других крейсеров, военных училищ и учебных отрядов, был почти полностью укомплектован и изучал и осваивал новую технику. Интенсивно велись судостроительные работы. Были смонтированы все главные и вспомогательные механизмы, главные котлы, турбо- и дизель-генераторы, водоотливные средства с трубопроводами и арматурой, завершилась установка орудий в башне IV главного калибра. Техническая готовность корабля к концу июня достигла 64 %. Пробный выход на ходовые испытания планировался на ноябрь 1941 г.

Но, несмотря на все усилия, крейсер не представлял собой полноценную боевую единицу. Ни на одном боевом посту работы не были закончены, корабль не мог дать ход. Отсутствовала герметизация водонепроницаемых переборок из-за большого количества незаделанных отверстий под несмонтированные трубопроводы и кабели. Не были введены в строй многие системы, в том числе водоотливная и противопожарная. Отсутствовала значительная часть вооружения ПВО и оборудование постов управления стрельбой главного калибра.

С начала июля 1941 г. из состава экипажа крейсера были сформированы две роты морской пехоты, часть моряков получила назначения на другие корабли. На борту «Петропавловска» остались в основном специалисты артиллерийской и электромеханической боевых частей.

Учитывая обстановку, сложившуюся на ленинградском направлении, командование Балтийского флота приняло решение ввести в строй артиллерию главного калибра крейсера и использовать его в обороне города как плавбатарею.

17 июля 1941 г. за подписью начальника Научно-технического комитета ВМФ инженер-контр-адмирала Жукова был издан приказ № 00316, согласно которому оставшаяся часть экипажа и привлеченные рабочие ленинградских заводов приступили к работам по срочному вводу в строй башен главного калибра I и IV и систем механизмов, обеспечивавших их использование. Полученная из Германии часть зенитной артиллерии (одна спаренная 37‑мм и восемь 20‑мм установок) были установлены ранее, о чем после проведенного отстрела 4 июля был составлен соответствующий акт.

14 августа 1941 г. крейсер «Петропавловск» отбуксировали в Угольную гавань Ленинградского торгового порта. 15 августа на крейсере подняли военно‑морской флаг и была начата приемка боезапаса.

К началу боевых действий в качестве плавбатареи экипаж корабля насчитывал 408 человек, в том числе 29 человек командного состава.

После 7 сентября крейсер стрелял почти ежедневно. Для корректировки огня на передний край были посланы корректировочные посты. 9 сентября погибли лейтенанты Д.И. Файн и М.А. Тимко – командиры корректировочных постов «Петропавловска».

11 сентября во время стрельбы на 22‑м выстреле взрывом снаряда в канале ствола было выведено из строя левое орудие 20,3-см башни I. По предположению артиллеристов корабля причиной этого стала неисправность баллистического наконечника полубронебойного снаряда, который разламывался при выстреле на части, и их падение неоднократно наблюдалось вблизи корабля. Предполагается, что при выстреле очередного снаряда была повреждена нарезка ствола, и при следующем выстреле осколочно-фугасным снарядом со взрывателем непредохранительного типа произошли его задержка и взрыв.