По данным ЮКОСа, опубликованным на английском веб-сайте компании в начале ноября 2004 года, общая сумма налоговых претензий, предъявленных компании за 2000–2002 годы (с учетом исполнительного сбора и налоговых претензий к дочерним компаниям), в настоящее время составляет 532,4 миллиарда рублей (18,4 миллиарда долларов). ЮКОС в конце октября выплатил около 3,5 миллиарда долларов, погасив недоимку за 2000 год. Эти претензии, исходя из опубликованных ЮКОСом материалов, были наиболее щадящими для компании. Без учета штрафов они составили лишь 45,37 % от выручки ЮКОСа в 2000 году, с учетом штрафов – 67 %. С каждого барреля добытой нефти уплаченные ЮКОСом налоги за 2000 год после погашения недоимки составили 16 долларов (без учета штрафов – 10,5 доллара). При этом, по данным ЮКОСа, в среднем шесть крупнейших нефтекомпаний России (не считая ЮКОС) платили 6 долларов налогов на баррель добытой нефти.

Сумма налоговых претензий и уже уплаченных ЮКОСом налогов за 2001 год с учетом штрафов превышает выручку компании за этот же год на 27 миллионов долларов, за 2002 год сумма претензий и уже уплаченных налогов больше выручки на 566 миллионов долларов. Если же не считать начисленные пени и штрафы, то по логике налоговиков в 2001 году ЮКОС должен был заплатить в виде различных налогов 60 % своей выручки (14,5 доллара с каждого барреля нефти), за 2002 год – 68,7 % (15,7 доллара с барреля). В то же время, как отмечается в расчетах ЮКОСа, в среднем нефтяные компании в 2001 году заплатили в виде налогов 6,1 доллара с каждого барреля добытой нефти, в 2002 году – 8,5 доллара.

По данным Института финансовых исследований (ИФИ), регулярно исследующего налоговую нагрузку на крупнейшие российские компании различных отраслей, в 2001 году лидерами по доле выручки, уплаченной в виде налогов, являлись «Газпром» (43,1 %), «Сургутнефтегаз» (38,7 %) и «Норильский никель» (37,4 %). У большинства других российских компаний налоговая нагрузка не превышала 30 % выручки. В 2002 году налоговая нагрузка на «Норникель» снизилась до 32,3 %, и компания уступила третье место «Роснефти» (34,4 %), на первом месте остался «Газпром» (41,2 %), на втором – «Сургутнефтегаз» (38 %).

Ведущий аналитик ИФИ Олег Ордин отмечает, что данные ЮКОСа о налоговой нагрузке с учетом предъявленных к компании претензий не совсем корректны, даже если считать ее без учета пеней и штрафов. По его словам, для расчета этого показателя используется так называемая чистая выручка, то есть доход компании без учета НДС (ее и указывают компании в отчетах по стандартам GAAP). Следовательно, для расчета налоговой нагрузки необходимо также вычитать и претензии по НДС. Впрочем, даже при таком пересчете налоговая нагрузка ЮКОСа должна превысить показатели всех других компаний, составив 49,5 % выручки за 2001 год и 58,15 % – за 2002 год. По словам господина Ордина, «нормальной для сырьевых компаний в условиях нынешних мировых цен на их продукцию можно считать налоговую нагрузку в 40 %».

Представитель ЮКОСа сообщил корреспонденту «Коммерсанта», что компания разместила эту информацию «для справки». По его словам, информация предназначена для инвесторов и аналитиков, «чтобы любой из них смог сам все увидеть, посчитать и сделать свои собственные выводы». Некоторые из аналитиков предположили, что ЮКОС, публикуя такие данные, готовит общественное мнение к возможному банкротству компании. Представитель ЮКОСа не подтвердил это предположение. Впрочем, большинство инвесторов и так не сомневается в скором банкротстве ЮКОСа, считая его единственным выходом из сложившейся ситуации. Некоторые инвесторы, однако, сохраняют надежду, что ЮКОСу удастся выжить. На 9 ноября 2004 года акции компании, реагируя на сообщения о возможном выходе Group MENATEP из числа акционеров ЮКОСа, подорожали в РТС на 5 %, на ММВБ – на 7,98 %.