Министерство по налогам и сборам (в тот период именно так называлась Федеральная налоговая служба Российской Федерации) 29 декабря 2003 года официально предъявило НК «ЮКОС» налоговые претензии на сумму около 100 миллиардов рублей. Эти претензии касались деятельности НК «ЮКОС» за 2000 год.

В начале декабря 2003 года МНС направило письмо в Генпрокуратуру, согласно которому, по предварительной оценке, НК «ЮКОС» и подконтрольные ей структуры за период с 1998 по 2003 год недоплатили в бюджет 150 миллиардов рублей. В письме замглавы МНС Игоря Голикова на имя генпрокурора Владимира Устинова шла речь об оплатах налогов в 1998–1999 годах через проблемные банки, налоговых льготах по «инвестиционным соглашениям» с государственными органами Мордовии и о так называемых «трансфертных» ценах на нефть внутри компании. Проверка деятельности холдинга в 2000 году была начата в середине декабря 2003 года и прямо перед Новым годом по ее результатам МНС выставило ЮКОСу требование уплатить в казну задолженность по налогам. Компания не согласилась с претензиями и направила в МНС свои возражения на акт проверки. Тогда же ЮКОС подал иск о защите деловой репутации к господину Голикову.

Однако в феврале 2004 года страсти вокруг «налогового дела» несколько поутихли. Глава ЮКОСа Семен Кукес не переставал повторять, что его холдинг «ведет конструктивный диалог» с МНС. В конце февраля 2004 года ЮКОС даже отозвал свой иск к господину Голикову. Правда, это решение представители компании объясняли не улучшением отношений с налоговиками. Наоборот, они уверяли, что «результаты повторной проверки, начатой министерством после получения возражения от ЮКОСа, дадут исчерпывающие основания для иска, который будет подан на следующий день после получения акта МНС». Теперь выяснилось, что, несмотря на трехмесячное «конструктивное сотрудничество», МНС и ЮКОСу не удалось консолидировать свои позиции, так что министерские чиновники продолжают предъявлять ЮКОСу претензии в том же объеме, что и в конце 2003 года. При этом пока еще на тот момент не были известны результаты проверки деятельности ЮКОСа в 2001–2002 годах, которую налоговые следователи ведут с февраля 2004 года.

На исполнение решения МНС от 13 апреля 2004 года об уплате налогов холдингу было дано два дня, чтобы добровольно погасить недоимку. Правда, в ЮКОС бумага поступила только после обеда в четверг 15 апреля 2004 года – за несколько часов до окончания предоставленного срока. А уже в пятницу 16 апреля 2004 года МНС обратилось с иском в арбитражный суд. На судебном заседании, прошедшем без участия сторон, судья вынес решение в качестве обеспечительной меры запретить компании отчуждать любое имущество. После вынесения такого решения компании-регистраторы, услугами которых пользуется ЮКОС, – «Реестр», «М-Реестр», «ЦМД» – не могут «производить операции по внесению в реестр любых изменений, касающихся сделок с ценными бумагами», совершенных холдингом.

По словам представителя МНС, обеспечительные меры были приняты в связи с отсутствием на счетах ЮКОСа необходимых для уплаты налогов средств, а также во избежание увода активов и последующей невозможности реально взыскать сумму налогов, пеней и штрафов в случае удовлетворения иска. Следующее судебное заседание намечено на 7 мая 2004 года. (Может быть, это случайность, но это дата инаугурации президента Путина).

Менеджеры НК «ЮКОС» просят не банкротить компанию, а взамен обещают полностью погасить налоговые претензии, уговорить Group MENATEP лишиться контроля над ЮКОСом и продать часть активов государственным компаниям. Компания представила в правительство предложения по урегулированию ситуации: ЮКОС погасит налоговые претензии в досудебном порядке, если получит рассрочку и возможность продавать активы (все активы компании арестованы в обеспечение иска МНС). По мнению заместителя председателя правления ЮКОСа Юрия Бейлина, свою лепту в спасение компании должны внести ее основные акционеры. «Я думаю, что большого выбора у них нет. Акционеры должны помочь ЮКОСу либо деньгами, либо, если такой возможности нет, в форме реструктуризации принадлежащего им пакета», – сказал он «Ведомостям». По его мнению, «сохранение контрольного пакета за Group MENATEP не является существенным моментом». Менеджеры ЮКОСа предлагают провести переговоры с Group MENATEP о продаже части его пакета акций структурам самого ЮКОСа и госбанкам. «В результате серии сделок у группы останется менее 25 % акций ЮКОСа», – рассказал он. Предполагалось продать не только долю «Сибнефти», но и долю в газовых активах и Восточно-Сибирской нефтегазовой компании.