Для обороны Крыма и главной морской базы в Севастополе 15 августа в составе Южного фронта была создана 51-я армия в составе 9-го стрелкового корпуса и 48-й кавалерийской дивизии под командованием генерал-полковника Ф. И. Кузнецова. Эта армия имела задачу не допустить вторжение противника в Крым как с севера, через Перекопский и Чонгарский перешейки, так и со стороны морских подступов.

Против Южного фронта, командующим войсками которого был генерал-лейтенант Д. И. Рябышев, членом Военного совета фронта – армейский комиссар 1-го ранга А. И. Запорожец, а начальником штаба – генерал-майор А. И. Антонов, противник перешел в наступление 9 сентября. Ему удалось прорвать фронт 9-й армии и к вечеру 12 сентября выйти к Перекопскому перешейку, а 16 сентября – к Чонгарскому мосту и Арабатской Стрелке. Таким образом, противник подошел вплотную к Крымскому полуострову, но его попытка с ходу прорваться через Перекопский перешеек была отражена войсками 51-й Отдельной армии.

Войска Южного фронта, которыми с 5 октября командовал генерал-полковник Я. Т. Черевиченко, в конце сентября по собственной инициативе пытались организовать наступление в Северной Таврии с целью выхода к крымским перешейкам и установления непосредственного сообщения с Крымом. Но Ставка ВГК указала командованию фронта, что их усилия являются несвоевременными и что в сложившейся обстановке целесообразно проводить улучшение своих оборонительных позиций. При этом войскам 51-й Отдельной армии было приказано всеми силами удерживать крымские перешейки и не допустить прорыва противника в Крым.

В то же время немецкое Главное командование, считавшее, что силы Красной Армии на южном участке фронта разгромлены, поставило перед группой армий «Юг» задачу захватить Крым и лишить Черноморский флот его главной базы, а советскую авиацию, бомбившую румынскую нефтяную промышленность, аэродромов в Крыму.

К моменту выхода противника к крымским перешейкам (середина сентября) для их обороны были развернуты три стрелковые дивизии 51-й Отдельной армии, войсками которой командовал генерал-полковник Ф. И. Кузнецов.

На южном крыле советско-германского фронта действовала 11-я немецкая армия, которой командовал генерал-полковник фон Шоберт. Но командующий в середине сентября во время одного из своих ежедневных вылетов на фронт на самолете типа «Шторх» сел на заминированном русскими поле и погиб вместе со своим пилотом, а 16 сентября был похоронен в Николаеве. Новым командующим был назначен генерал Манштейн, который 17 сентября прибыл к месту расположения штаба 11-й армии в город и порт Николаев, находящийся у устья Буга, и принял командование. Начальником штаба был полковник Велер.

Перед 11-й армией стояла задача занять Крым. Причем эта задача немецкому командованию представлялась особенно срочной. С одной стороны, ожидали, что занятие Крыма и его военно-морской базы Севастополя возымеет благоприятное воздействие на позицию Турции. С другой стороны, и это особенно важно, крупные военно-воздушные базы противника в Крыму представляли собой угрозу жизненно важному для Германии румынскому нефтяному району. И наконец, после взятия Крыма входящий в состав 11-й армии горный корпус должен был продолжать движение через Керченский пролив в направлении на Кавказ, поддерживая наступление, которое должно было развернуться со стороны Ростова.

Для непосредственного наступления на Крым были выделены соединения 54-го армейского корпуса под командованием генерала Ганзена в составе 46-й и 73-й пехотных дивизий. Кроме того, туда планировалось направить часть сил из прибывшей из Греции 50-й пехотной дивизии, которая в то время в составе 4-й румынской армии все еще находилась под Одессой, очищая побережье Черного моря от остатков советских войск.