Масштабы программы строительства военного флота требовали организационных изменений в его управлении и пересмотра места флота в структуре РККА. В 1937 г. согласно постановлению ЦИК и СНК СССР был образован Народный комиссариат Военно-Морского Флота, что закрепило организационную самостоятельность ВМФ в системе Вооруженных сил. В следующем 1938 г. на базе Штаба Морских сил РККА был создан Главный морской штаб.
Серьезной проблемой, негативным образом повлиявшей на осуществление масштабных преобразований на флоте, оказалось положение с кадровым составом. Репрессии 1937–1939 гг. привели к опасной кадровой нестабильности, а программа подготовки новых квалифицированных кадров за эти годы так и не была создана на должном уровне. Первые наркомы ВМФ – П.А. Смирнов (1937–1938) и М.П. Фриновский (1937–1939), активно включившиеся в чистку флотских кадров, сами оказались репрессированными. Командный состав разных уровней в результате значительно омолодился, зачастую без учета уровня необходимой подготовки. Процент командиров, окончивших Военно-морскую академию, оказался весьма низким: на конец 1940 г. только 8,4 % штабных командиров прошли обучение в академии, тогда как 66,3 % окончили только училище, 11,3 % – гражданские вузы, а 14 % не имели высшего образования. Проблема осложнялась и общим некомплектом состава – на февраль 1941 г. он составлял 29 %[92].
Практическое строительство масштабного Военно-морского флота значительно опережало теоретическую разработку военной доктрины, отвечающей за вопросы его стратегического применения. Как впоследствии отмечал Н.Г. Кузнецов, назначенный 29 апреля 1939 г. на должность народного комиссара ВМФ: «Четко сформулированных задач флота не было. Как ни странно, я не мог добиться этого ни в наркомате обороны, ни у правительства. Генеральный штаб ссылался на отсутствие у него директив правительства по этому вопросу, а лично Сталин отшучивался или высказывал весьма общие предположения»[93].
Бетонный ДОТ под 76-мм пушку на Перекопе. (NARA).
Целый ряд нерешенных проблем, таким образом, снижал боевой потенциал Военно-морских сил. На недостатки кадрового обеспечения флота накладывалась незавершенность развертывания береговой обороны, перевооружения авиации ВМФ, неподготовленность обороны военно-морских баз со стороны суши, неготовность системы базирования обеспечить полное выполнение задач, поставленных перед флотом[94]. «Война застигла нас на переходном этапе, когда страна фактически лишь приступила к созданию крупного флота, – писал Н.Г. Кузнецов в своих мемуарах. – Наряду со строительством кораблей и военно-морских баз спешно разрабатывались новый Боевой устав, Наставление по ведению морских операций и другие важнейшие документы, в которых должны были найти отражение основные принципы использования военно-морских сил. К сожалению, с этим делом мы не успели справиться до конца»[95].
Тем не менее, благодаря мероприятиям, проведенным новым наркомом, ВМФ смог в предвоенные годы существенно улучшить собственную боеспособность, в том числе на Черноморском театре. Повысилась интенсивность подготовки личного состава, чему в немалой степени способствовало дополнение к Военно-морскому училищу береговой обороны им. ЛКСМУ (г. Николаев) – создание в Севастополе Военно-морского училища им. П.С. Нахимова. Флот оснащался новыми кораблями, причем многие из них оказались удачной комбинацией отечественного и зарубежного опыта. Однако в связи с перегрузкой судостроительных предприятий сохранялось множество проблем с качеством продукции: из-за спешки многие работы выполнялись недостаточно качественно, частыми были гарантийные ремонты. По состоянию на начало войны почти треть кораблей Черноморского флота находилось в ремонте, зачастую длительном.