Надо сказать, что первое сообщение о выходе бригады Циглера к Альме не слишком впечатлило И.Е. Петрова. Он правильно оценил их как «передовые части» и в приказе, отданном в 17.35 31 октября 1941 г. в Экибаше, приказывал подчиненным ему войскам выйти на рубеж р. Альма и далее «на основные Севастопольские позиции на рубежах рек Кача и Бельбек»[77]. Одновременно, явно на случай появления крупных сил на пути в Севастополь, 421-й сд ставится задача прикрыть дорогу на Алушту. Традиционная версия событий говорит о совещании командиров соединений в Экибаше, где выбирали между Керчью и Севастополем. Судя по процитированному приказу, сам факт такого совещания становится сомнительным: Петров уже принял решение отходить в Севастополь, причем по кратчайшему направлению. Очевидно, определенная смена планов произошла ввиду угрозы, перехвата шоссе на Алушту во второй половине дня 1 ноября 1941 г. Соответственно в ночь на 2 ноября И.Е. Петров приказывает «тяжелую артиллерию, автотранспорт, обоз отправить на Алушту»[78].
Отход проходил в трудных условиях; наши войска вели непрерывные бои с наседавшим на них противником. Так, путь на Шуры и далее в Севастополь для 95-й сд через Шуры оказался перегорожен частями 72-й пд. Однако удалось сбить заслон немцев в Улу-Салы и двигаться другим маршрутом к Приморскому шоссе через горы[79]. 6 ноября передовые части Приморской армии вышли к Севастополю как раз в тот момент, когда гарнизон города, состоявший главным образом из морской пехоты, отражал на передовом рубеже атаки LIV АК, стремившегося прорваться к городу с востока по кратчайшему направлению. С подходом войск Приморской армии силы защитников Севастополя увеличились, что дало им возможность отразить немецкое наступление.
В то время когда войска Приморской армии отходили к Севастополю, 51-я армия отводилась для обороны Керченского полуострова. 4 ноября приказом командующего войсками Крыма на базе 51-й армии был создан Керченский оборонительный район, в состав которого вошли все соединения и части 51-й армии и Керченская военно-морская база. Несмотря на удобную для обороны местность и достаточные силы (семь стрелковых дивизий), командование оборонительного района не сумело организовать оборону Керченского полуострова и приостановить наступление противника. 16 ноября последние части 51-й армии были эвакуированы на Таманский полуостров.
До войны Севастополь готовился к обороне с моря, с суши же он оставался слабо прикрытым. Поначалу создание оборонительных позиций ориентировалось на противодесантную оборону базы флота и, соответственно, рубеж располагался чересчур близко к городу – предполагалось отбивать атаки легковооруженного воздушного или морского десанта. Лишь постепенно началось строительство в большей степени отвечавших задаче обороны с суши рубежей. Общая численность гарнизона Севастополя до прибытия Приморской армии составляла 20 660 человек.
4 ноября был образован Севастопольский оборонительный район (СОР), который сначала возглавил командующий Приморской армией генерал И.Е. Петров. Вопрос о первом командующем СОР являлся предметом дискуссий в советской историографии. В 1950-е годы отсчет существования СОР начинался с 7 ноября 1941 г., когда командующим СОР стал вице-адмирал Ф.С. Октябрьский. Поддержал уже в конце 1970-х эту точку зрения П.А. Моргунов, утверждавший: «С 5 по 9 ноября 1941 г., штабом […] «сухопутного СОРа», было издано много разных документов, но часть их так и не была проведена в жизнь, вследствие введения другой организации командования согласно директиве Ставки от 7 ноября»