По устройству поверхности эта страна представляла собой слабо всхолмленную равнину, имеющую общий уклон в северо-западном направлении к Балтийскому морю.
К югу местность приобретала более холмистый характер, где отдельные холмы достигали 15-25 метров высоты с крутизной скатов до 10-15>Q. Понижения между холмами нередко были сильно заболоченными и являлись труднопроходимыми для всех родов войск.
Наиболее крупными болотными участками являлись два урочища: Большой Кашен-Балис (22 кв. км) и р. Гросс Шореллер Плинис (17 кв. км), залегающие по левому берегу р. Шешупа в ее нижнем течении, а также большие заболоченные пространства в нижнем течении р. Неман и р. Висла (в районе Эльбинг). Однако вследствие больших мелиоративных работ, проведенных на болотных массивах Восточной Пруссии еще до 1936 г., значительная часть их была совершенно осушена и превращена в луга и пастбища. Все эти болотистые пространства имели густую сеть каналов и осушительных канав со стоком воды в реки, озера и заливы.
Юго-восточный угол Восточной Пруссии по устройству поверхности резко отличался от остальной территории провинции и представлял собой часть Обер-ландской возвышенности. Здесь, особенно в области Мазурской возвышенности, рельеф местности весьма разнообразный: значительные озерные пространства чередовались с высокими холмами с крутыми покрытыми лесом скатами. Межозерные дефиле, как правило, представляли собой узкие перешейки, отделяющие два соседних озера одно от другого, в то же время узкие проливы часто соединяли несколько озер в один крупный водный бассейн.
Наиболее характерной в этом отношении являлась область Мазурских озер, расположенных в районе Ангербург, Николайкен, Летцен, Ликк. Почти все озера Восточной Пруссии были ледникового происхождения, с глубиной от 6 до 30 метров.
Территория провинции имела весьма развитую речную сеть. Реки в большинстве своем извилистые, короткие, неглубокие, в значительной степени отличались быстрым течением и песчано-каменистым дном.
Наиболее значительными были: Неман, Прегель, Ангерапп, Писса, Алле и др.
Самую мощную водную артерию Восточной Пруссии представляла река Неман, начинавшаяся на Среднерусской возвышенности и впадавшая в Балтийское море в районе Мемеля.
Река достигала 400 метров ширины и от 1,5 до 5 метров глубины. В силу своих природных свойств она являлась мощной водной магистралью, находилась в хорошем состоянии, вследствие чего была судоходной на значительном протяжении и в среднем и нижнем течении бродов не имела. Во многих местах Неман перекрывался плотинами и шлюзами, регулирующими уровень воды и обеспечивающими работу гидроэлектростанции. Крутость берегов и быстрота течения представляли серьезное препятствие при форсировании реки.
Река Прегель, впадавшая в залив Фришесс-Хафф в районе г. Кенигсберг, являлась также мощной рекой, достигавшей на отдельных участках до 100 метров ширины и от 1,5 до 3 метров глубины. Эти свойства реки обеспечивали судоходство на всем ее протяжении от Инстербурга до Кенигсберга. В устье реки в г. Кенигсберге имелись военно-морской и торговый порты, связанные морским каналом с портом Пиллау, выводящим морские суда в Балтийское море.
Слева р. Прегель принимает три значительных притока: Ангерапп, Алле и Писсу.
Река Ангерапп течет на север, отличается большой извилистостью, достигает ширины 20-30 метров и глубины от 0,5 до 1,2 метра. Высота ее берегов доходит до 3-5 метров. Серьезным препятствием при форсировании река являться не может.
Река Писса имела ширину не более 10 метров и глубину от 0,5 до 1,2 метра, высота берегов не превышала 10-15 метров.