Эта логика рационально-эмпирической традиции в естествознании, подразумевающая, что вопрос «как» значимее вопроса «что», была сформирована в XVI веке, систематика её стала осваивать в конце XVIII столетия. Ближе к современности она получила мощную идеологическую поддержку со стороны физикалистской научной парадигмы, обеспечившей её доминирование на протяжении первой половины XX столетия. Однако во второй его половине вместе с формированием неклассической научной парадигмы частично вернулось понимание того, что систематика не может развиваться чисто технологически, т. е. без разработки теорий на базисном уровне. Этим обусловлен проявившийся в последние десятилетия всплеск интереса теоретиков к метафизике систематики, прежде всего к общим проблемам её онтологии и эпистемологии. Такой интерес, в свою очередь, неизбежно привлёк внимание к истокам этой метафизики – к тому, каким именно и почему таким, а не иным, образом сформировались существующие ныне представления о предмете и задачах биологической систематики, о соотношении теоретической и эмпирической составляющих таксономического знания.

Всякая теоретическая наука есть упорядочивание, и если… систематика равнозначна упорядочиванию, то систематика синонимична теоретической науке.

Дж. Симпсон

Систематика занимается разработкой разного рода классификаций, её общей процедурой служит классифицирование. Оно является исторически и отчасти логически первичной формой разумной познавательной деятельности. Если бы мы не могли с помощью классифицирования различать и обобщать, для нас не было бы, скажем, животных и растений, трав и деревьев, копытных и хищных – были бы некие отдельные предметы, никоим образом не соотнесённые друг с другом посредством тех или иных общих понятий. Осознание этого составило предпосылку того, что можно образно назвать «классификационной философией», определяющей характер многих исследований в биологии (Stafleu, 1971; Wilkins, 2003; см. 3.2).

Классифицирование есть специфическая процедура описания разнообразия состояний (проявлений) некоторого объекта: в биологии этот объект – мир живых организмов и их свойств (см. 1.1, 6.1.1). Сферой приложения классифицирования является качественная структура разнообразия, не поддающаяся количественным способам описания и обобщения – например, представления результатов в виде некоторой формулы (Розова, 1986; Заренков, 1989; Субботин, 2001). Получаемый результат – классификация или таксономическая система – представляет собой разбиение некоторой совокупности организмов (точнее, не их самих, а их описаний, репрезентаций, образов, см. 6.2) на отдельные группы, которым поставлены в соответствие общие понятия и названия. Исследуемое разнообразие считается познанным, если для него удалось разработать «удачную» (в том или ином смысле) классификацию – например, Естественную систему. Примечательно, что в схоластике Methodus (метод познания) чуть ли не отождествляется с Classificatio: представляя собой результат исследования разнообразия организмов, классификация одновременно есть и некий метод, позволяющий ориентироваться в нём (Линней, 1989: см. 3.2, 3.5).

В разных науках классификации занимают разное место. В некоторых из них, где преобладает качественный способ познания (биология, история, география, социология), они составляют не только фундамент знания, но и в определённом смысле форму его существования. Но и в тех естественно-научных дисциплинах, где наиболее полно развит количественный метод, без классификаций обойтись совершенно невозможно. Так, в физике, представляющей собой своего рода идеал количественной науки, качественная категоризация непременно сопутствует измерению, создавая, как и в сугубо классифицирующих науках, фундамент познавательной деятельности (Бунге, 2003). Например, на основании тех или иных количественных характеристик разрабатываются классификации микрочастиц, в которых для каждого их естественного класса предлагаются специфические количественные модели описания.