В результате долгих лет развития систематики в ней сформировались разные таксономические парадигмы (доктрины, концепции, etc.), каждая из которых на основе своих онтологических и эпистемологических допущений очерчивает довольно специфическую предметную область исследований. С точки зрения развития познавательной ситуации, в которой действует биологическая систематика, основная проблема здесь в том, что разные частные онтологии, на которые опираются эти парадигмы, могут даже не перекрываться на уровне базовых допущений (см. 6.1). В связи с этим возникает глобальный вопрос о том, что вообще в конструктивном смысле объединяет биологическую систематику кроме того, что она изучает разнообразие организмов с помощью общего метода классифицирования.

Эволюционная эпистемология позволяет считать развитие основных классификационных доктрин, упомянутых выше и иных, проявлением «таксономической макроэволюции», в которой можно увидеть как дивергенцию, так и параллельные тренды и конвергенции (Hull, 1988; Wilkins, 1998а). Примером последней можно считать утверждение типолога Г.Ю. Любарского (2007) о том, что без относящегося к области филогенетики понятия «монофилии не удаётся выстроить представления о… таксонах» (с. 343). Некоторые подходы возникают как результат своего рода ретикулярной эволюции – включения в одну исследовательскую программу отдельных концепций из других программ. Первым примером здесь служит соединение эволюционной, эмпирической и частью номиналистической идей в классической филогенетике конца XIX – начала XX столетий (Bessey, 1897; Зенкевич, 1929; Schaffner, 1934; см. 5.7.1), другой пример – формирование новой филогенетики (Pavlinov, 2003; Павлинов, 2004а, 2005а, б; см. 5.7.3). На этом фоне формирование и затухание отдельных школ и подходов – проявления «таксономической микроэволюции». Она наиболее явственна в случае численной систематики, весьма высокий уровень формализованное™ которой позволяет легко проследить, по каким «нишам» расходятся её школы (см. 5.3).

Как видно, неклассическое понимание систематики влечёт за собой и неклассическое понимание её истории. Последнее означает, что способы определения задач и принципов, предметной области и методов систематики не являются раз и навсегда заданными: они формулируются конкретным научным сообществом и меняются по мере развития и самого сообщества, и производимого им таксономического знания. Ни один из этих способов не может считаться «лучше» или «хуже» другого: точнее, эти способы можно расположить вдоль некоторого градиента научной состоятельности, но сам этот градиент не есть некая абсолютная неизменная данность, он формируется всё тем же научным сообществом в некотором локальном (социально и исторически обусловленном) контексте.

Говоря о развитии теоретической систематики, чаще всего имеют в виду сменяющие одна другую классификационные доктрины (концепции) и школы (Майр, 1971; Hull, 1988; Quicke, 1993). Однако столь же значимы в этом развитии традиции таксономической мысли. Они в истории систематики играют инерционную, связующую роль, обеспечивая преемственность её развития: несколько утрируя, можно считать, что систематика из века в век обсуждает одни и те же фундаментальные проблемы, решает одни и те же задачи общего порядка, используя для этого разные средства, предлагаемые развитием естествознания в целом и самой систематикой в частности. Прежде всего, указанная преемственность обеспечивается достаточно устойчивыми картинами мира, составляющими онтологическую основу разных исследовательских программ. Так, холистическая организмическая онтология впервые возникла в античное время, в Новое время составила основу немецкой (океновской) натурфилософии (см. 3.7.3), из неё проникла в классическую филогенетику (см. 4.3.5), некоторые её элементы просматриваются в новейших идеях о построении всеобщего «дерева жизни». Противоположная ей редукционная концепция систематики, оформленная в схоластике как номинализм (см. 3.2), едина как для натурфилософской системы сторонников идеи Лестницы совершенствования второй половины XVIII столетия (см. 3.6.2), так и для современной фенетики (см. 5.2.2.2) и частью популяционной систематики (см. 4.3.7). Внешним более чем очевидным проявлением такого рода преемственности служить устойчивость понятийного аппарата и частью методологии. Понятия таксона, гомологии, признака, сходства и т. п., общие принципы классифицирования как одной из форм сравнительного (в широком смысле) метода едины для всей систематики, хотя в некоторых школах от них и пытаются избавиться (например, морфобиологическая систематика третирует понятие признака, см. 5.7.3.3). В некоторых случаях эта инерционность проявляется в своего рода исторических «реверсиях», примером чему служит частичное возвращение новейшей кладистической систематики к схоластической традиции (см. 5.7.4.5).