В Заявлении Конституционного Суда № З-3 также указано, что «государственные органы, на которые Конституцией возложена обязанность защищать конституционный строй, права и свободы граждан, проявляют недопустимую пассивность, не используют предоставленные им Конституцией и законами полномочия». На сегодняшний день деятельность органов государственной власти по охране и защите конституционного строя является одной из гарантий стабильности конституционного строя РФ. В качестве примера можно указать, что Президент РФ (гарант Конституции РФ) принимает решение о приёме в гражданство Российской Федерации, причём отклоняются заявления о приеме в гражданство РФ и о восстановлении в гражданстве РФ, поданные лицами, которые выступают за насильственное изменение основ конституционного строя РФ или иными действиями создают угрозу безопасности РФ (ст. 16)[68].

Как отмечает В.В. Лысенко, в Российской Федерации создана целая система органов государственной власти, обеспечивающих ее конституционную безопасность, суверенитет, территориальную целостность, единство правового пространства страны, охрану и защиту прав и свобод человека и гражданина. Решение этих задач предполагает согласованное функционирование и взаимодействие всех органов государственной власти Российской Федерации на основе конституционного принципа разделения властей как на федеральном уровне, так и на уровне субъектов Российской Федерации. Характер угроз конституционной безопасности государства таков, что требует комплексной реализации усилий всех органов трех уровней публичной власти в Российской Федерации: федеральных, субъектов Федерации, органов местного самоуправления. Обеспечение конституционной безопасности федеративного государства невозможно без четкого функционального распределения полномочий между различными государственными институтами, укрепления федеративного устройства страны путем совершенствования отношений между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Федерации[69].

В 1995 году Конституционный Суд РФ указал, что из Конституции РФ можно вывести некоторые основные критерии правомерности действий федеральных органов государственной власти: а) сохранение и стабильность основ конституционного строя Российской Федерации; б) уважение основ правового статуса личности и незыблемость неотъемлемых прав человека и гражданина; в) стабильность Федеративного договора, как он интегрирован в Конституцию РФ; г) уважение и соблюдение общепризнанных принципов и норм международного права и обязательств по международным договорам с участием Российской Федерации[70].

В 1998 году Конституционный Суд РФ оценил деятельность органов государственной власти с точки зрения обеспечения стабильности конституционного строя РФ, указав, что провозглашенная в преамбуле Конституции РФ цель утверждения гражданского мира и согласия обусловливает и необходимость согласованного функционирования и взаимодействия органов государственной власти, которое в соответствии с Конституцией РФ обеспечивается Президентом РФ (ч. 2 ст. 80). Иное не отвечает конституционному предназначению государственной власти и ставит под угрозу стабильность конституционного строя Российской Федерации как демократического правового государства. Принципами функционирования механизма (системы) государственной власти в Российской Федерации, согласно ст. 10 Конституции РФ, являются разделение единой государственной власти на законодательную, исполнительную и судебную (каждая власть в пределах своей компетенции действует самостоятельно) и взаимодействие (сотрудничество) властей в целях достижения общих конституционных целей и задач (обеспечение стабильности конституционного строя, прав и свобод человека и гражданина и др.). Президент РФ как глава государства и гарант Конституции РФ в установленном Конституцией РФ порядке обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти (ч. 2 ст. 80)