Надо отметить, что, несмотря на трудную жизнь, дед по матери и отец стремились дать Сергею хорошее образование, платили педагогам, которые обучали его не только истории, математике и риторике, но и латыни, другим иностранным языкам.
В 1865 году Нечаев переехал в Москву, а в 1866 году – в С.-Петербург, где смог сдать экзамены на звание уездного учителя и получил право преподавать в церковно-приходской школе в Андреевском приходском училище, где и проживал.
С осени 1868 года С. Нечаев начал слушать лекции в С.-Петербургском университете в качестве вольнослушателя. Это означало, что в университет он поступить не смог, зачислен туда не был, но получил право присутствовать на лекциях. Здесь он имел возможность изучать антиправительственную литературу о декабристах, труды петрашевцев и анархиста Бакунина.
Тогда же он начал принимать участие в студенческих волнениях. В это время в Москве и в Петербурге, независимо от Нечаева, действовали несколько кружков революционно настроенной студенческой молодёжи. Правда, чаще всего их требования не шли дальше желания иметь свою студенческую кассу для оказания помощи нуждающимся студентам и права собирать сходки для обсуждения действий этой кассы. Что касается участия в антиправительственных движениях, то многие студенты жили в провинции и видели, что народ в настоящее время не думает ни о какой революции, верит в справедливость и законность царской власти.
Появившийся среди студентов университета Нечаев, после нескольких горячих выступлений и призывов, имевших влияние на часть молодёжи, начал претендовать на руководящую роль среди недовольных учащихся. Именно тогда уже, зимой 1868–69 годов, им, совместно с Петром Ткачёвым, сторонником заговорщических методов борьбы, была составлена радикальная «Программа революционных действий». В ней ставилась цель создания революционной организации для проведения подрывной деятельности, где конечной целью рассматривалась социальная революция, причем на весну 1870 года намечалось непременно организовать восстание, которое закончилось бы в октябре.
Однако большинство студентов относилось к этой «революционной программе» открыто враждебно. Среди противников Нечаева в 1869 году были Лазарь Гольденберг, студент технологического института, в будущем известный эмигрант-революционер, и Марк Натансон – студент Петербургской медико-хирургической академии, один из основателей общества «чайковцев», игравший руководящую роль в создании в 1876 году известной народнической организации «Земля и воля». Недругами Нечаева оказались также Герман Лопатин, первый переводчик «Капитала» Карла Маркса и его союзник в борьбе с Михаилом Бакуниным. А ещё – «страшный враг» Нечаева Михаил Негрескул, пользовавшийся значительной популярностью среди студентов. Он происходил из дворянской семьи, одним из первых уже в то время обратил свой взгляд на труды Карла Маркса, вместе с друзьями занимался переводом его работы «Zur Kritik», которая не была закончена в связи с провокацией Нечаева.
Марк Натансон пытался убедить на сходках Нечаева в том, что русский народ не жаждет никакой революции и, чтобы доказать ему это, предлагал провести во время каникул в деревнях анкетирование на эту тему. Анализ анкет показал, что народ действительно не готов к революции. Но для Нечаева это не было аргументом. Для него тогда стало ясно лишь одно: Натансон и его команда – угроза его авторитету.
В 1869 году, когда в России начинаются аресты студентов, участвовавших в студенческих волнениях, Нечаев бежит за границу. Но, прежде чем скрыться в Европе, он прибегает к явному жульничеству: инсценирует свой «арест» и «побег». Из-за границы он оповещает соратников в прокламации о невиданном до сих пор происшествии – своём «