Легионеры сдавали тяжелое вооружение (орудия и пулеметы), боеприпасы и военное снаряжение при проезде через Пензу. Часть винтовок они смогли утаить: легионеры понимали, что им предстоял проезд по стране, в которой уже шла Гражданская война. Всего в корпусе насчитывалось 35 300 человек (в своем большинстве безоружных), которые образовали 63 железнодорожных эшелона.

К маю первые 12 эшелонов прибыли во Владивосток. Остальные растянулись по железной дороге на 7000 километров от Ртищева под Пензой до Иркутска. Движение эшелонов замедлялось, а потом совсем прекратилось: Совнарком предложил ЧСНС отправить весь корпус не через Владивосток, а через Архангельск и Мурманск. Начались переговоры. Местные Советы в городах Транссибирской железнодорожной магистрали, где остановились эшелоны, стали требовать полной сдачи оружия.

Такие требования выглядели «странными», поскольку с этим оружием советская власть в Самаре, Челябинске, Петропавловске, Красноярске и Иркутске вооружала выпущенных из лагерей военнопленных немцев (германцев и австрийцев) и венгров, которых приняли в ряды Красной Армии как «воинов-интернационалистов». Между ними и легионерами лежала черта исторической ненависти.

«Взрыв» Чешско-Словацкого корпуса произошел в Челябинске. Дело обстояло так. 14 мая на местном вокзале из проходившего поезда с бывшими военнопленными – венграми и австрийцами была брошена чугунная ножка от печки-«буржуйки» в чехов, работавших на платформе. Ножка попала в голову солдата Духачека, который получил тяжелое ранение. Легионеры остановили эшелон, нашли виновного и расправились с ним.

Через три дня челябинский Совет вызвал десять легионеров для разбора случившегося как свидетелей, объявил их виновниками инцидента и арестовал. Были задержаны и те, кто пришел в Совет с требованием освободить товарищей. Тогда командир 3-го Чешско-Словацкого полка подполковник С. Н. Войцеховский приказал занять город и освободить арестованных силой. Сопротивления легионерам оказано не было, и они захватили все имевшиеся у местного Совета запасы оружия – 2800 винтовок и артиллерийскую батарею.

На следующий день конфликт был улажен миром. Арестованные комиссары были освобождены, большая часть захваченного оружия была возвращена челябинскому Совету. Начались переговоры о пропуске эшелонов через Челябинск на восток.

20 мая в Челябинске открылся съезд представителей Чешско-Словацкого корпуса, который готовился давно. Капитан Радола Гайда был избран его делегатом. Стало известно, что в Москве арестованы прибывшие туда члены ЧСНС Макса и Чермак, которых вынудили подписать приказ всему корпусу сдать местным Советам все оружие «безо всякого исключения». То есть теперь разоружиться уже полностью.

В ответ на это съезд заявил, что он лишает ЧСНС права руководить движением эшелонов и передает это право избранному им Временному Исполнительному комитету (председатель – доктор Д. Павлу). Единогласно приняли решение оружия не сдавать, эшелоны в Архангельск не поворачивать и, если надо, пробиваться во Владивосток с боем.

В исполком вошли три командира полков: 3-го – подполковник С. Н. Войцеховский, 4-го – поручик С. Чечек и 7-го – капитан Р. Гайда. Они составили Военную коллегию исполкома. Съезд поручил им разработать план действий на случай открытого конфликта с большевиками.

К тому времени эшелоны с легионерами составляли по местоположению на железной дороге четыре группы: во Владивостоке – 8 тысяч, на линии железной дороги между Пензой и Тамбовом еще не двинулись на восток около 8 тысяч чехов и словаков, примерно столько же оказалось в районе Челябинска. Эшелоны с 4, 5 тысячами человек растянулись по Транссибу между Курганом и Иркутском. Съезд поручил Чечеку возглавить Пензенскую группу эшелонов, Войцеховскому – Челябинскую, а Гайде – корпусные эшелоны, двигавшиеся от Омска до Иркутска.