В октябре 1915 года Африкан Богаевский, получивший «на лейб-гвардии Сводно-Казачьем полку» в марте того года эполеты генерал-майора, назначается начальником штаба походного атамана всех казачьих войск великого князя Бориса Владимировича Романова. Теперь он служит в прифронтовом городе Могилеве, где находилась Ставка Верховного главнокомандующего России.

Первая мировая война сформировала Африкана Петровича Богаевского как военачальника. Об этом свидетельствовали его высокие боевые награды – ордена Святого Владимира 2-й степени и Святой Анны 1-й степени, Георгиевское оружие (за отличия в должности начальника штаба 2-й гвардейской кавалерийской дивизии). К 17-му году он имел личную известность в казачьих войсках.

…Наступил «знаковый» для старой России 1917 год. После Февральской революции началась массовая чистка русской армии от «явных» монархистов. Комиссары Временного правительства отправили в отставку сотни и сотни старших офицеров, многих авторитетных и заслуженных лиц из армейского генералитета. Многих «строгих» командиров изгоняли с фронта по требованиям солдатских комитетов. Воинская дисциплина и организованность в частях, прежде всего в тыловых гарнизонах, падала прямо на глазах.

Прошла чистка и Ставки Верховного главнокомандующего, штаба походного атамана всех казачьих войск. Великому князю из династии Романовых, естественно, пришлось покинуть армейские ряды. Покинул прифронтовой Могилев и генерал-майор А. П. Богаевский, в монархических взглядах которого комиссары Временного правительства не сомневались.

Но, в отличие от многих офицеров и генералов Ставки, по убеждениям монархистов, Богаевский не оставил службу. В апреле 1917 года он назначается командиром Забайкальской казачьей дивизии, а затем ему вверяется в командование 1-я Гвардейская кавалерийская дивизия. В августе он получает должность заместителя начальника штаба 4-го кавалерийского корпуса. При этом он оставался убежденным корниловцем.

В тот 17-й год, который стал голгофой Российской империи, Русский фронт с лета разваливался прямо на глазах. Анархия военного времени прежде всего поглотила тыловые гарнизоны, особенно столичный, и Балтийский флот. Богаевскому пришлось «досрочно» оставить штаб кавалерийского корпуса и убыть на тихий Дон. В декабре он прибыл к войсковому атаману А. М. Каледину по его вызову и сразу стал одним из его ближайших помощников.

Вскоре генерал-майору Богаевскому поручается командование калединскими войсками в районе города Ростова. Он сумел сразу наладить сотрудничество в противостоянии красным с добровольцами-корниловцами. Те совместно с белоказаками провели в Ростовском районе ряд успешных боев, но сдержать натиск превосходящих сил противника все же не смогли. Мобилизованные казаки стали расходиться по домам, чему Богаевский воспротивиться не смог.

Самоубийство атамана А. М. Каледина стало для его помощника «толчком» вступления в ряды Добровольческой армии. В феврале 1918 года он назначается командиром пешего Партизанского полка, состоявшего в своем большинстве из донских казачьих офицеров-фронтовиков. Участвовал в 1-м Кубанском («Ледовом») походе, показав личную доблесть: его партизаны-донцы, как казачья пехота, действовали при неудачном штурме кубанской столицы города Екатеринодара бесстрашно, понеся большие потери в людях, но не растеряв боевого духа. Полковой командир в те дни являл собой личный пример мужества.

После переформирования Добровольческой армии в марте 1918 года стал командиром ее 2-й бригады. Она состояла из двух полков – Корниловского ударного и Партизанского, 2-й артиллерийской батареи. После неудачного штурма Екатеринодара и гибели Л. Г. Корнилова новый командующий белой армией генерал-лейтенант А. И. Деникин увел добровольцев с Кубани обратно на Дон. Вскоре там, в южных станицах вспыхнуло восстание против советской власти.