Башкиры к этой войне уже имели опыт 250-летнего военного служения Московскому царству и Российской империи, поэтому они, как обычно, быстро сорганизовались и выступили в поход. «Первыми в 9-м башкирском кантоне были сформированы две пятисотенные команды, вышедшие в поход 27 декабря 1806 г. В своём рапорте командир этих команд Рыльского мушкетёрского майор Данисьев указал, что в них «люди молодые и могут быть к службе расторопные, и вооружены по их обыкновению саблями, стрелами и копьями, каждый о дву конь…». Это были 1-я команда кантонного начальника поручика Бурангула Куватова, состоявшая из кантонного начальника старшины, 5 есаулов, 5 сотников, 5 хорунжих, квартирмейстера, писаря, муллы, 10 пятидесятников, 490 рядовых, 1004 лошади; и 2-я старшины Айсувака Узенбаева, состоявшая из старшины, такого же числа чиновников и 469 рядовых на 962 лошадях. 3, 4 и 9-ю возглавил Уфимского мушкетёрского полка майор Кандауров. Московский комендант произвёл им 25 февраля смотр, отметив, что «люди довольно хороши и здоровы, но лошади с форсированных маршей тощи, но впрочем, здоровы». 8-ю команду возглавлял капитан Украйнцов, 10-ю – майор Феофилатьев. Все 10 башкирских команд подчинялись, вместе с калмыками, полковнику князю Уракову А. В., шефу Ревельского мушкетёрского полка, до этого времени служившего в полках Оренбургской инспекции.
Затем 24 января 1807 г. последовал указ императора об отправке ещё 10 пятисотенных башкирских команд, то есть 5 тыс. человек, это были так называемые «команды второго наряда». Генерал-губернатор Волконский в качестве сопровождающих прикрепил к командам штаб – и обер-офицеров регулярных частей Оренбургской инспекции. Команды «второго наряда» возглавляли: 11-ю – капитан Тимиров; 12-ю – поручик Янышев; 13-ю – майор Моисеев; 14-ю – поручик Усревецкий; 15-ю – майор Шефлеров; 16-ю – капитан Некрасов; 17-ю – капитан Петровский; 18-ю – майор С. А. Вильчик; 19-ю – майор Руднев; 20-ю – поручик Мальковский. 11 – 20-я башкирские команды вышли в поход в апреле 1807 г.»35.
Сражение под Пултуском 14 (16) декабря 1806 г. закончилось вничью. Тяжёлое сражение с армией генерала Беннигсена Л. Л., произошедшее 26—27 января (7—8 февраля) 1807 г. под Прейсиш-Эйлау, закончилось истощением сторон. Участник сражения Давыдов Д. В. пишет: «Урон наш в этом сражении простирался почти до половинного числа сражавшихся, то есть до 37 тысяч человек убитых и раненых: по спискам видно, что после битвы армия наша состояла из 46800 человек регулярного войска и 2500 казаков. Подобному урону не было примера в военных летописях со времени изобретения пороха. Оставляю читателю судить об уроне французской армии, которая обладала меньшим числом артиллерии против нашей и которая была отбита от двух жарких приступов на центре и на левом фланге нашей армии. Трофеи наши состояли в девяти орлах, исторгнутых из рядов неприятельских, и в двух тысячах пленных. Прусский корпус взял два орла»36 Но Беннигсена решил отступить к Кёнигсбергу, поэтому французские историки считают, что Наполеон выиграл это сражение. По Урланису французские потери в сражении составили 45 тыс. убитыми и раненными, а русские – 26 тысяч37. По Безотосному русские потери почти совпадают: 7 тыс. убитыми и 18 тыс. ранеными, а по французам нет – свыше 2 тыс. убитых и 18 тыс. раненых38. Но Безотосный В. М. сам пишет, что эти данные занижены. Мединский В. Р., Мягков М. Ю. и Никифоров Ю. А. пишут: «Всего французы потеряли 20 тысяч убитыми и ранеными, Русские – 23 тысячи. Один из сподвижников Наполеона, маршал Ней, глядя на множество павших, воскликнул: „Что за бойня, и без всякой пользы!“ Переломить ход кампании в свою пользу Бонопарт смог только с помощью хитрой уловки. Французские дипломаты уговорили Османскую империю вступить в войну против России. В результате часть наших войск была переброшена на юг, и Наполеон получил численное преимущество»