«В «Бансэнсюкай» говорится о ниндзюцу и инструментах ниндзя, которые хранили в секрете одиннадцать [семей] ниндзя из Ига и Кока. В то же время, я исключил неэффективные и отобрал лишь эффективные методы различных школ, существующих до ныне. Также, я собрал все стратегии ниндзюцу, которые разработали выдающиеся полководцы Японии и Китая, решившись опубликовать [даже] то, что до сих пор не было известно.

Раскрывая моральные принципы, следуя истинному пути и оставляя всё ложное, мы подходим к крайним секретам ниндзюцу, и таким образом, описываем всё в должном порядке. Так же, как все реки в мире текут в океан, [необозримо] широкий и глубокий, эта книга была названа «Бансэнсюкай» («Десять тысяч рек собираются в море»)».

Трактат имеет стройную логическую структуру – Фудзибаяси всю тайную науку ниндзя делит на два больших раздела: «ё-нин» (янское, «светлое» ниндзюцу) и «ин-нин» (иньское, «тёмное» ниндзюцу)7. Раздел «ё-нин» объединяет легальные методы ниндзя по проникновению в княжества противника: методы внедрения под видом торговца, бродячего монаха, низкорангового самурая и пехотинца-асигару, простолюдина, нанявшегося в войско в качестве чернорабочего и т. д. Раздел «ин-нин» объединяет нелегальные методы ниндзя по тайному проникновению под покровом ночи, методы маскировки на местности и стратегии ночных атак. Иными словами, «Бансэнсюкай» говорит о двух ипостасях ниндзюцу: агентурная разведка (тёхо-дзюцу, кантё-дзюцу), использующаяся в мирное время, и военная разведка (сэкко-дзюцу), применяемая во время ведения военных действий.

Трактат «Бансэнсюкай» состоит из шести больших разделов: «Сэйсин» («Правильный дух»), «Сёти» («Наставления военачальнику»), «Ё-нин» («Невидимость при свете дня»), «Ин-нин» («Невидимость в темноте»), «Тэндзи» («Небесные циклы») и «Нинки» («Инструменты ниндзя»), которые разделены на двадцать два свитка. Оригинал «Бансэнсюкай», написанный рукой Фудзибаяси до нас не дошёл, всё что мы имеем – это поздние редакции. Вполне возможно, что оригинал действительно был написан на свитках, но при переписывании трактата, его написали в переплетённых тетрадях, таким образом получилась вполне привычная нам книга в виде кодекса. Переписанные свитки были объединены в несколько книжных томов, количество которых варьируется от десяти до двенадцати. Так, редакция Ига насчитывает двенадцать томов, а редакция Кока насчитывает десять томов.

Первый свиток трактата называется «Дзё» («Начальный том»). Он содержит предисловие, содержание всех томов и раздел «Ниндзюцу мондо» («Вопросы и ответы о ниндзюцу» или «Диалоги о ниндзюцу», если перевести более литературно), в котором подробно рассматривается происхождение ниндзюцу, его основные принципы, объясняется смысл названий для лазутчиков в Китае и в Японии: кантё, юси, кодзин, синоби, мицумоно, кёдан и т.д., приводятся исторические примеры, показывающие необходимость использование ниндзюцу на войне.

Второй и третий свитки называются «Сэйсин» (другой вариант чтения «Сёсин» – «Правильный дух»). Этот раздел является особенно важным потому, что правильный дух – основа всех вещей и всех методов ниндзя. Фудзибаяси объясняет это тем, что: «…на первый взгляд, синобигэй8 напоминает воровское ремесло: синоби должен быть способным влезать на заборы и каменные стены, вскрывать замки и срывать засовы. Таким образом, эта книга является потенциально опасной, потому что даёт сведения о подобных методах, и люди безнравственные, не имеющие страха перед Небом, могут использовать их для совершения своих преступлений, и в итоге получится, что я их учил воровать. Чтобы избежать подобной опасности, я поставил „Сэйсин“ („Правильный дух“) прежде всех глав».