Древние поселения в окрестностях Баку, возможно, были там, где теперь море, в частности на территории нынешней бухты и в районе моря у берегов Биби-Эйбата и Баилова. Ученые и путешественники отмечали изменения уровня Каспийского моря, при которых названные территории становились сушей. Например, профессор С. Ковалевский считает, что в первые века нашей эры Бакинская бухта была сухой, и отмечает возможность поселений на его месте. По мнению ученого, наиболее низкий уровень Каспийского моря, когда острова Бакинского архипелага сплошь сливались с континентом, и вся Бакинская бухта была сухой, падает на период от I до VII вв. Затем с VII в. начинается сильное повышение уровня Каспия вплоть до IX в., когда и образовалась Бакинская бухта.109

Мнение С. Ковалевского подтверждаются археологическими исследованиями 1968 года. В этом году на острове Чилов (Жилой), располагающийся в Апшеронском архипелаге, были обнаружены около 30-ти старинных могил, которые относятся к ранне-мусулманским типам. Кроме могил были фиксированы также остатки строений, кладка которых была сильно размыта морем. Об этих строениях на острове писал еще в 1860—1861 гг. академик Б. Дорн. Здесь были выявлено еще и большое количество поливной глазурованной керамики. Керамика острова имеет типологическое сходство с керамикой прибрежных поселений западного побережья каспийского моря и может датироваться XI – XIV веками.110 Эти находки дают основание предполагать, что остров был частью суши, которая в связи с трансгрессией Каспия была затоплена.

Последние исследования ученых об изменениях уровня Каспия показали, что последнее повышение Каспийского моря началась где-то на рубеже нашей эры. Однако вначале поднятие уровня происходило медленно, сменяясь довольно сильными понижениями. Уровень Каспия был низким до конца XIII в., но в конце XIII в. – первой половине XIV в. меньше чем за сто лет уровень Каспия поднялся более чем на 10 метров.111 На карте Марино Сануто (1320) имеется надпись «море каждый год прибывает на одну ладонь и уже многие хорошие города уничтожены».112

Наиболее полное описание Баку начала XV века содержит сочинение азербайджанского географа Абд ар-Рашида ал-Бакуви «Талхис ал-асар ва аджаиб ал-малик ал-каххар» (Сокращение «Памятников» и чудеса царя могучего»). Бакуви писал, что море затопило в Баку много стенных башен и приблизилось к мечети.113

Затем свыше 600 лет уровень был высоким вплоть до начала XX в., когда он стал падать. Особенно резкое падение уровня моря произошло в 1929—1945 гг., когда в течение 16 лет уровень упал на 2 метра.114 С 90-х годов XX века мы опять наблюдаем поднятие уровня моря. В течении 20 лет уровень моря изменился на несколько метров.

Академик Э. Ленц, посетивший Баку в 1830 г., сообщает слышанное им от местных жителей: «…много времени тому назад море было на 20 верст дальше, чем теперь, и остров Беюк и Даш Зиря, так же как Пир-Аллахи и Чилов были частью твердого материка; однажды же неожиданно море зашло намного вперед и дало побережью тот вид, который оно имеет и сейчас».115

Следует отметить, что в исторической литературе существует также предположение о том, что Апшеронский полуостров некогда был соединен с противоположным берегом Каспия.

И. Березин писал, что по утверждению местных жителей когда-то Каспийского моря здесь не было, а была суша и цветущие города, Этот рассказ жители подкрепляют известием, будто бы на восточном берегу Каспийского моря существует в этом же направлении башни и стены подобной стройки. Далее И. Березин пишет: «Не отвергая, безусловно этих предположений, я должен сказать, что на восточном берегу Каспия по правому берегу Гургана действительно тянется стена из обожженных кирпичей с довольно частыми укреплениями, что предание о соединении Апшерона с восточным берегом Каспийского моря известно и у Туркменов, что в этом месте находится наименьшая ширина Каспия – 115 миль, что в этом направлении глубина моря почти везде от 35 до 60 сажень, тогда как к северу и югу дна морского не дощупаешься, что порфиры Красноводска, по замечанию Гумбольдта, служат продолжением кавказских, что на обоих берегах видно обилие нефти, заметной даже в самом море по этому направлению, что Апшерон носит явные следы вулканизма, также как и порфиры Красноводска, и что, наконец, в море по этому направлению идут ряды камней и плит, как будто бы остатки каких-нибудь зданий: все это вместе взятое громко говорит в пользу доисторического соединения Апшерона с Туркменией».