Впервые годы XVII века вновь обострились религиозные противоречия в империи. Аугсбургский мир 1555 года был лишь временным компромиссом, поскольку не обеспечивал ни подлинной религиозной свободы, ни постоянных границ между соперничающими конфессиями в империи. Принцип cujus regio, ejus religio не исключал возможности перехода имперских князей из одного вероисповедания в другое, и такие случаи, становившиеся все более частыми, нарушали хрупкое политическое равновесие в Германии. Кроме того, Аугсбургский мир учитывал интересы католиков и лютеран, но не кальвинистов, которых в империи становилось все больше. Происходила концентрация сил враждующих группировок: были созданы протестантская Уния (1608) и католическая Лига (1609). Лидером первой стал курфюрст Фридрих Пфальцский, второй – герцог Максимилиан Баварский.

Пассивность императора, сомнения в его душевном здоровье и опасения за судьбу не только империи, но и наследственных владений Габсбургов подтолкнули родственников Рудольфа к действиям. В Австрийском доме случилось нечто из ряда вон выходящее: младшие члены семьи объединились против ее главы. В апреле 1606 года в Вене было подписано тайное соглашение, в котором остальные члены семьи признавали Матиаса главой рода вместо Рудольфа.

Матиас был самым честолюбивым из сыновей Максимилиана II. По завещанию отца все наследство досталось старшему – Рудольфу, и Матиас долгое время добивался у брата какой-нибудь значительной должности. В 1578 году он даже пустился на авантюру, бежав в Нидерланды, где сторонники независимости подняли восстание против испанского владычества. Генеральные штаты – сословное собрание Нидерландов – провозгласили молодого Габсбурга штатгальтером (высшим должностным лицом). Однако лишенный политических дарований эрцгерцог стал игрушкой в руках противоборствующих группировок и через три года бесславно вернулся в Вену, где выслушал от брата-императора немало гневных упреков. Отношения Матиаса с Рудольфом II с той поры были испорчены. Тем не менее в конце 90-х гг. император назначил брата наместником в Австрии и несколько раз поручал ему командование войсками, сражавшимися против турок. Лавров на этом поприще Матиас, впрочем, тоже не сыскал. Большинство историков считает Матиаса одним из наименее одаренных Габсбургов. Некоторые историки полагают, впрочем, что Матиас был скорее фигурой трагической. Обладая определенными способностями и большим честолюбием, он умело плел интриги и в конце концов добился вожделенной власти, однако впоследствии оказался слишком слабым для того, чтобы противостоять могущественным религиозно-политическим группировкам и предотвратить их столкновение, переросшее во всеевропейскую войну.

Ближайший советник эрцгерцога, кардинал Мельхиор Клезль, которому Контрреформация была обязана многими успехами, предостерегал своего господина против чрезмерного сближения с протестантами. Сам Матиас при всем его легкомыслии тоже не мог не понимать, что предоставление больших вольностей сословиям неизбежно аукнется ему после того, как Рудольф II будет устранен и высшая власть окажется в его, Матиаса, руках. Только в 1608 году он пошел на открытый разрыв с братом. Рудольф II был вынужден пойти на компромисс и передать Матиасу в суверенное владение Верхнюю и Нижнюю Австрию и Моравию. Чехи остались верны императору, который подтвердил привилегии их сословий специальным манифестом (Majestat, 1609). Однако эти уступки были вынужденными. Возможность отомстить и брату, и подданным представилась императору в начале 1611 года, когда один из родственников, эрцгерцог Леопольд, предоставил в его распоряжение свою армию. Наемники Леопольда («воинство из Пассау») вторглись в Чехию, заняли Прагу и подвергли город и окрестности страшному грабежу.