В июне он приступил к обязанностям бортового инженера-испытателя очень сложного опытного вертикально взлетающего транспортного самолёта компании «Линг-Темко-Воут» ХС-142А. Сложность и опасность испытаний ХС-142А определялись его необычной конструкцией. Для вертикального взлёта его крыло с четырьмя турбовинтовыми двигателями поворачивалось в вертикальное положение, и тяга двигателей должна превышать вес самолёта. Малейший сбой в системах машины был чреват лётным происшествием.

Семья обустроилась в небольшом арендованном доме в городке Ланкастер недалеко от авиабазы. Через два месяца, 30 августа 1965 года, Джуди родила их второго ребёнка, девочку Доун.

На весь следующий год Берта загнали в командировку в раскалённую калифорнийскую пустыню у самой границы с Мексикой. Там, на авиабазе Флота в Эль Центро проводилась очень важная для войны во Вьетнаме программа отработки сбрасывания тяжелых грузов на парашютах с предельно низких высот до пяти метров. В хвостовой части военно-транспортного самолёта С-130 сидел инженер-испытатель Берт Рутан и обеспечивал рискованный сброс контейнера весом до 25 тонн.

Потом были летные испытания усовершенствованного палубного штурмовика А-7 «Корсар». Но наиболее значимой и опасной стала работа Берта Рутана в качестве второго члена экипажа и бортинженера по программе исследования причин штопора серийного тяжелого двухместного истребителя F-4 «Фантом» с 1 октября 1969 года по 7 августа 1970-го. Эти сверхзвуковые машины воевали во Вьетнаме. Уже было потеряно шестьдесят самолётов из-за проблем управления и лёгкого сваливания в штопор. Почти такого же количества самолётов F-4 по этой причине лишился Флот.

Сидя на заднем сиденье «Фантома» и скрупулёзно отслеживая реакцию самолёта на изменение режима управления, Берт Рутан сотни раз испытывал свои нервы, когда приходилось использовать противоштопорный парашют, чтобы сохранить самолёт. Самое жуткое ощущение Рутана связано с их попаданием в плоский штопор. Тогда машина сделала семнадцать полных витков, неуправляемо снижаясь с высоты 11 до 2 км, когда противоштопорный парашют восстановил управление.

Истребитель-бомбардировщик F-4 «Фантом» был склонен входить в штопор, в частности из-за несимметричной наружной подвески. Берт досконально изучил его повадки при различных лётных ситуациях и вместе со всей командой, задействованной в этой программе, разработал рекомендации по изменению Руководства по лётной эксплуатации «Фантома». За проделанную работу Берт Рутан награждён Воздушной медалью для военнослужащих.

Работа Берта Рутана на Авиабазе Эдвардс обогатила его новыми знаниями о свойствах современных боевых машин и была ещё одним его Университетом. Там у него была хорошая перспектива занять более высокий пост руководителя отделения. Но в жизни Берта Рутана назрели глубокие перемены.

Он всё больше тяготел к обладанию простым и доставляющим удовольствие в полёте собственным самолётом. Ему очень хотелось летать самому, и он не без основания надеялся, что такой самолёт придётся по душе очень многим, и возможен его коммерческий успех.

Ещё в университете он продувал модель в аэродинамической трубе диаметром 30 см и скоростью потока 240 км/ч. Потом он придумал конструкцию аэродинамических весов с большой продувочной моделью своего самолёта, которая устанавливалась на крыше его автомобиля и выдавала значение сопротивления на скорости движения 120 км/ч.

Убедившись, что его «утка» с толкающим воздушным винтом и двумя килями на крыльях летать будет, Берт начал её строить в своём гараже на две автомашины. В их доме в Ланкастере, когда дети уже спали, в гараже горел свет, и Джуди приходила помогать мужу. Начал он с фюзеляжа и кабины. Работать приходилось урывками и с перерывами на длительные командировки по службе. Но это было его любимое «хобби». И по мере того, как появлялись осязаемые очертания его мечты, Берт укреплялся в мысли, что если это может делать он, то сотни его последователей смогут построить самолёты в гараже.