Когда начались работы по дезактивации территории, то первыми туда были направлены опять же военные строители. Работали ли там заключенные? Определенных свидетельств на этот счет найти не удалось. Вероятнее всего они там были, как наименее ценный человеческий «материал» в глазах руководства.

Конечно, направляя военных строителей и рабочих в первые – наиболее опасные с точки зрения радиационной обстановки дни на уборку радиоактивного мусора, руководство сталкивалось с понятными проблемами – люди не хотели выходить на эту опасную работу. Солдаты, которых пытались первыми отправить на расчистку загрязненной радиоактивностью территории, не подчинялись командам офицеров. Да и сами офицеры неохотно отдавали команды, поскольку догадывались о степени грозящей опасности.

И все-таки работа началась. Где-то личным примером, где-то угрозами и обещаниями начальство смогло убедить людей выйти в первый раз из укрытия. А дальше всё пошло само собой. Сперва очистили дорогу от радиоактивного мусора, затем отмыли её из шлангов и по ней смогла двигаться пожарная машина, смывавшая радиоактивную «грязь» с крыш и стен наиболее загрязненных зданий. Штукатурку с них отбивали вручную, а стены после этого мыли щетками. Достаточно одного взгляда на это огромное здание, чтобы понять, сколь долгой и тяжелой была эта работа.

Собранный радиоактивный мусор складывали в самосвалы и увозили в яму, ставшую могильником для твёрдых высокоактивных отходов. Туда же увозили верхний слой почвы, снятый бульдозерами с загрязненной территории. Разумеется, все эти радиоактивные «отходы» оставались и «захоранивались» на территории «Маяка». Затем с помощью специальных тяжёлых плугов переворачивали и «заглубляли» верхний слой грунта, перепахивали очищенную таким образом территорию, стараясь поглубже зарыть в землю долгоживущую радиоактивность.

Всё это происходило в октябре-декабре 1957 г. Благодаря крайне напряженной работе к концу 1957 г. территория стала проходной – по ней можно было не только бегать, но и ходить. После этого всю зиму чистили и мыли крыши зданий, перекрытия, стены снаружи и изнутри. В результате через год стало возможно продолжить монтажные работы, хотя дезактивация территории продолжалась ещё более года.

Одновременно с очисткой территории велись работы на месте взрыва. Там были сосредоточены основные силы для ликвидации последствий аварии и предотвращения взрывов других банок. Работами руководил лично министр атомной промышленности Е. П. Славский. Поскольку взрывом были повреждены трубопроводы, по которым к «банкам» подавалась охлаждающая вода, происходил самопроизвольный разогрев хранившихся в них жидких высокоактивных отходов. Это могло стать причиной новых взрывов. В условиях очень высоких уровней радиации в эпицентре взрыва пришлось бурить наклонные скважины и по ним подавать воду в уцелевшие банки. Благодаря невероятным усилиям специалистов и рабочих, уже через несколько дней опасность новых взрывов миновала.

Работы по очистке территории проводились круглые сутки. Только за октябрь и ноябрь 1957 г. территория «отделения 13» радиохимического завода была засыпана чистым грунтом, объём которого составил около 100.000 м^>3. Но всё равно фон по гамма-излучению продолжал оставаться на уровне 100—150 мкр/сек. Серьезные трудности возникали при засыпке самой воронки от взрыва. Мощность экспозиционной дозы на её краях продолжала оставаться на уровне 100.000 мкр/сек. В марте 1958 г. основные работы по засыпке воронки и пространства между зданиями «отделения 13» были завершены.

Допуск на проведение восстановительных работ давался из расчета разового воздействия 0,8—1 Р при установленной на тот период норме 0,02 Р за смену. Многие рабочие, принимавшие активное участие в ликвидации аварии получили в 1957—1958 гг. по 60—120 Р в год при установленной на тот период норме 15 Р. Начальник цеха Е. М. Ихлов получил за 1957 г. зарегистрированную дозу 125 Р. Техник А. В. Кузьмин – 87,6 Р. Из семи начальников смен отделения четверо были выведены с завода по данным дозиметрической службы без права работы в основных цехах – то есть в условиях повышенной радиоактивности. Для них это означало большую потерю в заработке.