Учитывая особую ответственность при работе с атомной установкой, реакторный отсек на время перезарядки сдавался по акту ее руководителю, заводские работы в нем прекращались, а по окончании перезарядки отсек обратным образом сдавался заводу.
Со временем перезарядка стала совмещаться с ремонтными работами на реакторах. Особенно сложной была работа по заварке трещин в футеровке корпуса реактора. Сначала эту работу выполняли бригады завода «Баррикады» из Волгограда, а потом ее у них переняли судоремонтные заводы.
В Военно-Морском Флоте испокон веков установился такой порядок, что вся материальная часть корабля закрепляется за различными боевыми частями и службами: штурманской, минно-торпедной, ракетно-артиллерийской, связи, электромеханической, радиотехнической, химической, авиационной. Соответственно этим боевым частям и службам на флотах созданы довольствующие органы, которые заботятся по своей специальности о кадрах, учебных программах, боевой подготовке, эксплуатации, ремонте и материально-техническом обеспечении. Для этих же целей созданы и центральные управления, которые, сверх того, еще и руководят созданием новой техники по своей специальности. Практически центральные управления все свои силы направляли на создание новой техники, так как это было на виду, под контролем высших инстанций и щедро поощрялось, а остальные вопросы передоверили флотам, и в голове не держали.
На корабле боевые части и службы объединяет командир, но уже в звене соединения кораблей появляется разобщенность специальностей, а чем выше по структурной лестнице, тем больше рассогласованности и антагонизма. Ремонт организационно строился так: за корпус и электрическую часть отвечало техническое управление флота, а все вооружение довольствующие органы ремонтировали либо на своих заводах, либо выдавали отдельные заказы судоремонтному заводу. И часто получалось, что нужно запустить гирокомпас, а электросети еще не готовы, или нужно выходить в море на ходовые испытания, а перископ еще в артиллерийских мастерских. Создавались такие ситуации, что один участник работ прикрывался другим или внезапно ставил партнера в трудное положение. То один начальник довольствующего управления, то другой бежали к командующему флотом с просьбой перенести срок ремонта корабля, а заводу только этого и надо было.