Храм был освящён в честь Покрова Пресвятой Богородицы, но в народе он стал известен как храм Василия Блаженного. Этот человек родился в приходе Елоховского Богоявленского храма в 1464 г. В юности он ушёл из родительского дома, скитался по Москве. Москвичи привыкли в любое время дня видеть на Красной площади Василия, всегда босого, в рубище. Они считали его исцелителем и ясновидцем. Царь Иван Грозный принимал блаженного в своём дворце, прислушивался к его советам и рассказам о видениях. Летом 1552 г. Василий скончался и был погребён у Троицкой церкви. После достройки через несколько лет храма Покрова его могила оказалась у самой его стены.

Храм Василия Блаженного (Покровский собор) строился на Красной площади, около Спасских ворот Кремля, во время войны за покорение Казанского и Астраханского царств в 1552–1554 гг. После каждой значительной победы возле стоявшей на этом месте каменной церкви Живоначальной Троицы ставилась деревянная церковь во имя того святого, память которого отмечалась в день очередной победы. К окончанию войны на одной площадке оказалось 8 церквей.

В 1555–1561 гг. по указанию Ивана IV Грозного зодчие Барма и Постник Яковлев возвели на одном фундаменте 8 храмов, симметрично расположенных вокруг девятого. Имена зодчих были обнаружены в конце XIX столетия в рукописном сборнике XVII в.: «…и дарова ему (Ивану Грозному) дву мастеров русских по реклу (прозвищу) Постника и Барму, быша премудри и удобни таковому чудному делу». Высота храма Василия Блаженного составляла 65 м. До конца XVI в. это было самое высокое здание в Москве.

Строители собора создали оригинальную и сложную композицию: между четырьмя осевыми столпообразными церквами (Троицкой, Николая Великорецкого, Входа в Иерусалим, Киприана и Устинии) расположены меньшие по высоте церкви (Трёх патриархов Константинопольских, Александра Свирского, Варлаама Хутынского, Григория Армянского). Все они увенчаны луковичными главами и сгруппированы вокруг возвышающейся над ними девятой столпообразной Покровской церкви, завершённой шатром с маленькой главкой. Все церкви объединены общим основанием, обходной галереей и внутренними сводчатыми переходами. Храм был выстроен из кирпича, а его фундаменты, цоколь и ряд деталей выполнены из белого камня. Купола, венчающие главы храма, разнофигурные и разноцветные. Центральная церковь Покрова увенчана шатром. Во всех церквах поставлены иконостасы XVI–XIX вв. По указу царя Фёдора Иоанновича над могилой Василия Блаженного появился новый придел. И с той поры храм во имя Покрова Божией Матери стали называть храмом Василия Блаженного.

В 1670-х гг. построена шатровая колокольня. Декоративные элементы придавали зданию характер уникального сооружения-монумента, своего рода памятника славы Русского государства, и одновременно воплощали идеи «храма-города», «небесного Иерусалима». В XVII в. асимметричные пристройки, шатры над крыльцами, затейливая декоративная обработка глав, орнаментальная роспись снаружи и внутри храма усилили его живописность. В 1812 г. собор разграбили французы. Они хотели взорвать его, но не успели. Храм неоднократно реставрировался и расписывался. Ныне существующая роспись была произведена в 1839–1845 гг. В 1918 г. собор одним из первых был взят государством под охрану как памятник национального и мирового значения. В 1929 г. его закрыли, тогда же были сняты колокола.

В настоящее время храм Василия Блаженного является филиалом Государственного исторического музея. В 1990 г. в музее вновь стали собирать колокола. Сегодня эта коллекция – одно из самых богатых действующих собраний колоколов не только в Москве, но и в России.