Хайр ад-Дин Барбаросса умер пять лет спустя, в 1546 году, в возрасте 80 лет. Благодаря ему османы получили контроль над частью североафриканского побережья, и во второй половине XVI века преемники Барбароссы продолжили его дело, завоевав Триполи и Тунис. Османское правление этими корсарскими владениями в Северной Африке отличалось от того, что существовало в других арабских провинциях. После смерти Барбароссы власть в Алжире делили между собой назначенный Стамбулом наместник, адмирал османского флота и командующий османским янычарским корпусом. В середине XVII века правителем Алжира стал командир янычар, которые обосновались в Алжире и превратились в местных жителей. Ему помогал совет – диван. В 1671 году командир янычар был свергнут, и вместо него адмирал флота поставил во главе провинции местного гражданского правителя, дея[36]. На протяжении многих лет реальная власть в Алжире принадлежала деям, хотя Стамбул продолжал назначать пашу (наместника), чьи полномочия имели скорее формальный характер. После 1710 года полномочия паши перешли к деям, и контроль Стамбула над Северной Африкой заметно ослабел, поскольку деи пользовались полной автономией в обмен на небольшую ежегодную дань Блистательной Порте.

Поскольку османо-испанское соперничество в западном Средиземноморье завершилось, Порту такое положение дел вполне устраивало. Алжирские земли находились слишком далеко от Стамбула и были слишком малонаселенны, чтобы устанавливать там прямое османское правление без надежды окупить связанные с этим расходы. В результате берберийское побережье было типичной арабской провинцией, которая, хотя и вошла в состав Османской империи, по факту управлялась местной элитой. Османская империя установила свой контроль над стратегической мусульманской территорией и обеспечила пусть небольшой, но поток доходов при минимальных затратах для имперской казны. Это устраивало и алжирских деев, которые пользовались защитой могущественной Османской империи и в то же время широкой автономией в своих отношениях с морскими державами Средиземноморья. Такая система успешно функционировала в интересах обеих сторон вплоть до XIX века, когда ни деям, ни османам не хватило сил противостоять новой эре европейской колонизации Северной Африки.

В восточном Средиземноморье сложилась другая система автономного правления. Горы Ливана на протяжении многих веков служили убежищем для неортодоксальных религиозных общин, спасающихся от гонений. Двумя самыми крупными общинами были марониты и друзы, которые сформировали в этой местности, известной как Горный Ливан, особый феодальный порядок и политическую систему.

Марониты обосновались на севере Ливанских гор в конце VII века, спасаясь от преследований со стороны соперничающих христианских сект в тогдашней Византийской империи. В средние века они поддерживали крестоносцев и установили хорошие отношения с Ватиканом. Связи между маронитами и Римско-католической церковью были настолько тесными, что в 1584 году в Риме появился Маронитский колледж, где обучались богословию одаренные молодые марониты.

Религиозная секта друзов возникла в XI веке в Каире из последователей одного из ответвлений шиитского ислама. Впоследствии они были вынуждены бежать от гонений в Горный Ливан и за сотни лет жизни в изоляции развили довольно специфическое тайное вероучение. Вместе с христианами-маронитами друзы доминировали в политическом устройстве Горного Ливана. Друзский эмир правил жесткой иерархией друзских и христианских аристократов, которые владели наследственными феодами в этом регионе.