С августа 1934 года работал на должности начальника Отдела УГБ Управления НКВД по Одесской области, через год стал начальником СПО – 4-го отдела УГБ Управления НКВД по Киевской области. В 1937 году вернулся в Одессу на должность заместителя начальника областного Управления НКВД. Потом служил на такой же должности в Киеве.

28 марта 1938 года И. Я. Бабич был назначен на должность начальника 2-го отдела 2-го управления НКВД СССР и до 1940 года служил на разных должностях в центральном аппарате на Лубянке.

После 24 сентября 1940 года его жизнь стала связана с органами военной контрразведки благодаря назначению на должность начальника Особого отдела Прибалтийского военного округа, вскоре ставшего Прибалтийским Особым военным округом (ПрибОВО).

С июля 1941 года работал на должности заместителя начальника Особого отдела Северо-Западного фронта (СЗФ), а с 21 мая 1942 года – начальника Особого отдела этого фронта.

В день образования Смерша – 19 апреля 1943 года его назначили на должность заместителя начальника ГУКР Смерш НКО СССР.

С мая по сентябрь 1945-го Бабич находился на Дальнем Востоке, координируя действия органов Смерша Забайкальского и Дальневосточного фронтов.

4 июля 1946 года его назначают помощником начальника 3-го Главного управления МГБ СССР, а в августе 1947 года – по совместительству на должность начальника Высшей школы МГБ СССР.

Исай Яковлевич Бабич был убит 9 декабря 1948 года в Москве. Похоронен на Новодевичьем кладбище.

Основными стратегическими задачами войск Северо-Западного фронта, с которым была связана служба Бабича, были нанесение поражения (совместно с Западным фронтом) германским силам, сосредоточенным в Восточной Пруссии и в районе Варшавы, и овладение территорией Восточной Пруссии.

Но легко, как говорится, было на бумаге – появились крутые овраги нашей неподготовленности к противостоянию с вермахтом.

До начала войны предтеча СЗФ – войска Прибалтийского Особого военного округа были малочисленны и не могли отразить контратакой удар группы армий «Север», возглавляемой генерал-фельдмаршалом фон Леебом. Перед «северянами» Гитлер поставил задачу:

«Нанести сильный сосредоточенный удар из района Восточной Пруссии, прорвать оборону приграничных войск Красной армии и, развивая стремительное наступление в направлении Даугавпилса, северо-восточнее Опочки, окружить и уничтожить прибалтийскую группировку войск русских, не допустив их отхода за реку Западная Двина.

В дальнейшем войскам группы армий развить наступление на Псков, Ленинград, Нарву и Ригу, захватить порты на Балтийском море, лишив русский флот опорных баз, и создать условия для полной блокады Ленинграда и уничтожения Балтийского флота».

В состав группы армий «Север» входили: 18-я полевая армия (генерал-полковника фон Кюхлера), 16-я полевая армия (генерал-полковника Буша), 4-я танковая группа (генерал- полковника Гепнера), состоявшие из дивизионов, батальонов, дивизий и корпусов.

В резерве командования группы армий «Север» оставались 23-й и 50-й армейские корпуса. Решающая роль в наступательных операциях отводилась бронетанковым войскам вермахта.

Нужно отметить, что к началу вторжения активно действовала немецкая разведка, перед которой Генеральный штаб сухопутных войск поставил задачу собрать исчерпывающую информацию о состоянии, вооружении и дислокации войск Красной армии. В полную силу заработала и служба дезинформации. Начались регулярные разведывательные полеты немецкой авиации над приграничной территорией СССР, участились случаи заброски в Прибалтику и другие районы зоны ответственности ПрибОВО агентов и диверсантов.