С этой должности уволен из НКВД. Работал замначальника проектной конторы «Ростекстильпроект». После начала войны вернулся в НКВД и служил в военной контрразведке. С июня 1941 по декабрь 1942 года – оперуполномоченный Управления ОО НКВД СССР, заместитель начальника Особого отдела НКВД по 50-й армии, начальник Особого отдела НКВД по 9-й армии Южного фронта, начальник Особого отдела 48-й армии Брянского фронта.

В 1943–1944 годы – начальник Особого отдела Приволжского военного округа, УКР Смерш Северо-Западного фронта и в 1944–1945 годы – начальник УКР Смерш 2-го Белорусского фронта. В 1945–1946 годы возглавлял УКР Смерш Северной группы войск в Польше, в 1946–1947 годы – 1-е управление 3-го ГУ МГБ СССР, в 1947-1951-м – замначальника 2-го ГУ и начальник 3-го ГУ МГБ СССР. С 1952 по 1954-й руководил Управлением КР МГБ, Особым отделом МВД СССР и Особым отделом КГБ при СМ СССР по Белорусскому военному округу. В 1956-м уволен из органов ГБ по возрасту.

В первых сражениях 1941 года войска Северо-Западного фронта (СЗФ) противостояли наступлению немецко-фашистской группы армий «Север» и части группы армий «Центр» и к 29 июня отошли к Западной Двине. Отсеченная от главных сил 8-я армия отступала к границе Эстонии. 11-я и 27-я армии вели бои с противником, наступающим на Старую Руссу и Холм. Советские войска понесли тяжелые потери из-за превосходства противника в воздухе. Потери личного состава в некоторых частях доходили до 60 %, а боевой техники и орудий – до 90 %. Кроме этого противник впервые захватил пусковую ракетную установку «Катюша». И все же действия фронта сыграли важную роль в обороне Ленинграда.

Под непосредственным руководством Я. А. Едунова выполнял обязанности заместителя начальника Особого отдела НКВД 34-й армии Северо-Западного фронта (СЗФ) подполковник Н. Г. Кравченко, ставший в последующем героем Тегерана в 1943 году во время Международной конференции глав трех стран – СССР, США и Англии – Сталина, Рузвельта и Черчилля и получивший досрочно звание генерал-майора. Однако вернемся к событиям на СЗФ.

В конце июля 1941-го руководители кадрового аппарата 3-го Управления НКО СССР Николая Григорьевича Кравченко отзывают в Москву. В должности начальника Управления в тот период был комиссар 3-го ранга Анатолий Николаевич Михеев, которого вскоре заменил Виктор Семенович Абакумов.

А. Н. Михеева назначили по его просьбе руководителем военной контрразведки Юго-Западного фронта. Он геройски погибнет в открытом бою с гитлеровцами 21 сентября 1941 года при отступлении штаба фронта в урочище Шумейково неподалеку от хутора Дрюковщина Лохвицкого района Полтавской области.

А Николая Кравченко тут же определили на должность заместителя начальника Особого отдела 34-й армии СЗФ.

Вся тяжесть контроля и оказания помощи оперативному составу 245-й, 257-й, 262-й стрелковых дивизий и 25-й кавалерийской дивизии 34-й армии легла на плечи Николая Григорьевича. Он много ездил по особым отделам соединения под бомбежками и артиллерийскими обстрелами. Именно в это время вражеский осколок, словно бритвой, срезал часть мягких тканей на правом плече. Из-за потери крови он чуть не погиб. Спасла ему жизнь медсестра.

Особенно напряженными были дни, когда армия готовила и проводила контрудар под Старой Руссой в середине августа 1941-го.

Уже после войны станет известно, что начальник оперативного управления ОКВ вермахта затребовал целый танковый корпус для ликвидации прорыва 34-й армии. К великому сожалению, наша армия была расчленена и частично уничтожена. На 26 августа она насчитывала чуть более 22 тысяч личного состава. Причинами неудачных действий 34-й армии, по оценке начальника Управления особых отделов НКВД В. С. Абакумова, были названы потеря управления войсками со стороны командования объединения и соединений армии, неудовлетворительное обеспечение авиацией и средствами противоздушной обороны. Случалось так, что немецкие самолеты бомбили войска 34-й армии в течение всего светового дня, нередко группами по 80-100 самолетов, но никакого противодействия с земли им не оказывалось.