Вот причина суровости царя Иоанна к новгородцам: бунт и стремление отделиться от Москвы (сепаратизм, говоря современным языком) и отступление от православия в ересь жидовствующих. Уже упоминавшийся выше Забелин говорит о том же: «Он выводил измену кровавыми делами. Да как же иначе было делать это дело? Надо было задушить Лютого Змия – нашу славянскую рознь, надо было истребить ее без всякой пощады… Понятно, почему так рассвирепел Иван Грозный, услыхав об измене Пимена, что хотел отдаться Литве».

Крупный литературный критик, социолог, публицист (и демократ!) второй половины XIX века Николай Константинович Михайловский (1842–1904), комментируя сочинения Карамзина и его последователей, замечает: «Наша литература об Иване Грозном представляет иногда удивительные курьезы. Солидные историки, отличающиеся в других случаях чрезвычайной осмотрительностью, на этом пункте делают решительные выводы, не только не справляясь с фактами, им самим хорошо известными, а… даже прямо вопреки им: умные, богатые знанием и опытом люди вступают в открытое противоречие с самыми элементарными показаниями здравого смысла; люди, привыкшие обращаться с историческими документами, видят в памятниках то, чего там днем с огнем найти нельзя, и отрицают то, что явственно прописано черными буквами по белому полю».

И среди советских ученых были исследователи, которые подходили к рассмотрению фактической стороны данного вопроса объективно. Один из них, академик Степан Борисович Веселовский (1876–1952), так охарактеризовал итоги изучения эпохи Грозного: «В послекарамзинской историографии начался разброд, претенциозная погоня за эффектными широкими обобщениями, недооценка или просто неуважение к фактической стороне исторических событий… Эти прихотливые узоры «нетовыми цветами по пустому полю» исторических фантазий дискредитируют историю как науку и низводят ее на степень безответственных беллетристических упражнений. В итоге историкам предстоит, прежде чем идти дальше, употребить много времени и сил только на то, чтобы убрать с поля исследования хлам домыслов и ошибок, и затем уже приняться за постройку нового здания».

Советский историк Даниил Натанович Альшиц, стоявший на марксистских позициях, жестко критиковал источниковедческую базу карамзинской «Истории»: «Число источников объективных – актового и другого документального материала – долгое время было крайне скудным. В результате источники тенденциозные, порожденные ожесточенной политической борьбой второй половины XVI века, записки иностранцев – авторов политических памфлетов, изображавших Московское государство в самых мрачных красках, порой явно клеветнически, оказывали на историографию этой эпохи большое влияние… Историкам прошлых поколений приходилось довольствоваться весьма путаными и скудными сведениями. Это в значительной мере определяло возможность, а порой и создавало необходимость соединять разрозненные факты, сообщаемые источниками, в основном умозрительными связями, выстраивать отдельные факты в причинно-следственные ряды целиком гипотетического характера. В этих условиях и возникал подход к изучаемым проблемам, который можно кратко охарактеризовать как примат концепции над фактом».

На протяжении двух столетий не затихает полемика с последователями Карамзина, которых, к сожалению, достаточно и среди церковных, и среди светских историков: митрополит Макарий (Булгаков), А.П. Доброклонский, А.В. Карташев, М.М. Щербатов, М.П. Погодин, Н.Г. Устрялов, Н.И. Костомаров, Д.И. Иловайский, С.М. Соловьев, В.О. Ключевский, С.Ф. Платонов, С.Б. Веселовский. Из советских историков – противников царя Иоанна можно назвать известного (и весьма компетентного) ученого Р.Г. Скрынникова, Зимина и Хорошкевич, Кобрина, С.О. Шмидта. По форме объективную, но, по сути, антицарскую позицию занимает в своих книгах Б.Н. Флоря. Все они, так или иначе, склоняются к негативной оценке личности царя Иоанна Грозного.