В то время еще был жив сам В. М. Бехтерев – организатор и директор Института по изучению мозга и психической деятельности (Институт мозга). В 1920-е годы Бехтерев занимал ведущее положение в науках о человеке, пользовался заслуженным авторитетом и популярностью. В течение более сорока лет он неустанно трудился как врач, педагог, ученый, организатор науки, общественный деятель. Основал целый ряд научно-исследовательских и научно-практических и образовательных учреждений, в том числе Психоневрологический институт (1907), Институт мозга (1918), Психоневрологическую академию (1921). Он создал объективную психологию (позднее названную рефлексологией) – новую науку о поведении человека, опирающуюся на объективные методы исследований. В. М. Бехтереву принадлежит идея и практическая организация комплексных исследований человека в целях познания законов его поведения. Институт мозга, по замыслу В. М. Бехтерева, должен был стать главным научным центром для выполнения его научных планов.
В Институте мозга разрабатывались проблемы физиологии, биохимии, гистологии и морфологии мозга, психологии, рефлексологии и педологии. Наряду с этими академическими исследованиями здесь в 1920-е годы и первой половине 1930-х годов ставились необычные опыты по телепатии, ясновидению, внушению, экстрасенсорике (В. М. Бехтерев, Л. Л. Васильев), биографической ритмологии (Н. Я. Пэрна). В институте был создан один из первых очагов психологии и физиологии труда в нашей стране, включая Бюро профессиональной консультации (В. М. Бехтерев, А. Ф. Кларк). В институте проводились комплексные лонгитюдные исследования развития ребенка от рождения до юношеского возраста, сравнительно-психологические исследования онтогенеза младенцев и детенышей животных. Действовал Музей нервной системы и Пантеон мозга, где собирали коллекцию мозгов умерших из числа выдающихся людей России (Логинова, 1993, 2006).
Жизнь била ключом. Институт привлекал к себе неординарных людей – ученых, деятелей искусств, практических работников разных сфер деятельности. Приобщение к интересной многогранной научной жизни института было плодотворным для новичка, каким был тогда Ананьев. До конца своих дней Борис Герасимович помнил об Институте мозга как образцовом научном учреждении, занимающемся изучением человека. Несомненно, как ученый Ананьев был родом из школы Бехтерева.
Никто не знает теперь, общался ли Борис Ананьев с Бехтеревым лично, но, несомненно, он встречался с ним. Есть одна небольшая его статья (в соавторстве с А. В. Дубровским), посвященная годовщине со дня смерти В. М. Бехтерева и свидетельствующая о возвышенном отношении к нему авторов. Они, тогда аспиранты Института мозга, восхищались мощью характера и таланта Владимира Михайловича, силой и широтой его жизни. «Имя В. М. Бехтерева есть символ целой грандиозной эпохи перестройки современной науки о личности человека на основах материализма» (Ананьев, Дубровский, 1928, с. 1092).
1928 и 1929 гг. были трудными, чрезвычайно насыщенными и судьбоносными для Б. Г. Ананьева. В 1927 г. он досрочно сдал государственные экзамены, а в июне 1928 г. защитил дипломную работу «Эволюция миросозерцания и мироощущения в юности» в Горском педагогическом институте. Она не сохранилась, и судить о ней можно только по названию, которое указывает на интерес Бориса Ананьева к проблеме внутреннего мира индивидуальности. Как оказалось, этот интерес сохранился до конца его жизни и по-разному проявлялся в конкретных исследованиях и теоретических обобщениях.