В 1951 г. Борис Герасимович был назначен директором Ленинградского института педагогики АПН РСФСР[16]. Первоначально, с 1946 г., это был Ленинградский филиала АПН РСФСР. Предшественниками Ленинградского НИИ педагогики были Институт научной педагогики, Институт по изучению мозга и психической деятельности (отдел психологии, ранее отдел рефлексологии детства). Более отдаленные во времени связи прослеживаются между НИИ педагогики и Психоневрологическим институтом В. М. Бехтерева (1907), Педагогическим музеем и другими учреждениями по психологии, педологии и педагогике в городе на Неве.

Годы работы в Институте педагогики были наполнены интенсивной плодотворной работой, отмеченной высшей правительственной наградой СССР – орденом В. И. Ленина (1954 г.). Благодаря заметному общественному статусу Борис Герасимович еще более утвердился как признанный глава ленинградских психологов. В 1955 г. он стал действительным членом Академии педагогических наук РСФСР (позже – СССР), вошел в состав ее Президиума. В 1950-е годы выступил одним из организаторов Общества психологов СССР и был избран в его руководящий орган – Президиум Центрального совета. Б. Г. Ананьев организовывал значительные научные мероприятия – Всесоюзную научную психологическую конференцию университетов (Ленинград, 1947), Всесоюзное совещание по психологии личности (Ленинград, 1956) и II всесоюзный съезд психологов (Ленинград, 1963), а также ряд научных конференций. Б. Г. Ананьев вошел в первый состав редколлегии журнала «Вопросы психологии», который начал издаваться в 1955 г. Все эти положительные перемены в психологии, ее рост и общественное и государственное внимание к ней радовали и внушали надежду на то, что пришло время психологии, что любимая науку востребована в нашей стране и у нее большое будущее.

На посту директора Института педагогики Б. Г. Ананьев стремился сделать это вполне обычное, небольшое учреждение передовым научным центром – продолжателем антропологической традиции русской педагогики и психологии. Он связывал исследования, развернувшиеся под его руководством, с педагогической антропологией К.Д. Ушинского, рефлекторной теорией И. М. Сеченова, комплексным подходом В. М. Бехтерева. «Именно в традициях педагогической антропологии и рефлекторной теории коренится комплексное направление нашего института, предыстория которого связана с взаимопереплетением идей антропологии и рефлекторной теории в Петербурге-Петрограде-Ленинграде», – говорил в одном из своих выступлений Ананьев (Ананьев, 1959в, с. 158).

Программируя новые исследования в институте, Б. Г. Ананьев выдвинул глобальную проблему целостности развития детей в школе. Соответственно, он поставил вопросы о целостных эффектах воспитания, условием появления которых являются формирование общих механизмов развития за счет преемственности ступеней школьного образования и межпредметных связей в процессе освоения школьных дисциплин. В духе педагогической антропологии Ананьев ставил вопрос о конкретном содержании такого желательного свойства воспитания, как природосообразность, о котором писали еще Я. А. Коменский и К. Д. Ушинский. Наука должна открывать объективные законы индивидуального развития человека, чтобы в соответствии с этими законами можно было в процессе воспитания управлять развитием.

Результаты психологических и психолого-педагогических исследований развития детей обобщены в нескольких книгах под редакцией Б. Г. Ананьева и при его авторском участии: «Вопросы детской психологии» (1948), «Вопросы повышения качества учебно-воспитательной работы школы» (1953), «Вопросы детской и общей психологии (1954), «Подготовительный период в первом классе и формирование готовности детей к обучению» (1955), «Учебно-воспитательная работа в первом классе школы и развитие детей» (1955), «Формирование восприятия пространства и пространственных представлений у детей» (1956), «Первоначальное обучение и воспитание» (1958), «Проблемы обучения и воспитания в начальной школе» (1960).