За это в 1445 году Улу-Магомету удалось жестоко отплатить Василию Васильевичу. Он неожиданно напал на великого князя на реке Нерли, где тот стоял всего с 1500 человек.

Василий Васильевич смело двинулся во главе своей маленькой рати на врагов и, сражаясь впереди всех, по древнему обычаю предков, обратил татар в бегство, но затем они оправились, собрались опять и задавили совершенно русских своими огромными силами. Великий князь дрался как лев, ему прострелили руку и отрубили несколько пальцев; 13 ран зияло на голове, плечи и грудь были синие от ударов, бешено сыпавшихся на него со всех сторон; наконец он изнемог и был захвачен татарами в плен. Они сняли с него нательные кресты и в знак своей победы отправили их в Москву супруге и матери Василия.

Вся столица затрепетала от этой неожиданности. Жители окрестных селений и посадов в ужасе сбегались в нее, ожидая ежечасно нашествия татар, и огромное их количество столпилось в Кремле. Скоро новое бедствие постигло Москву – ночью вспыхнул жестокий пожар. В Кремле не осталось ни одного деревянного здания, стены многих каменных церквей упали, сгорело около трех тысяч человек и множество всякого имения.

При этих бедственных обстоятельствах Шемяка, конечно, торжествовал. Он поспешил предложить Улу-Магомету заключить с ним условие – держать Василия Васильевича в вечном заточении у татар, а самому сесть великим князем в Москве, под рукою казанского царя. Однако Улу-Магомет предпочел выпустить Василия Московского из плена, удовольствовавшись значительным выкупом (по-видимому, 25 тысяч рублей).

В тот самый день, когда Улу-Магомет отпускал от себя Василия, 1 октября 1445 года, в Москве произошло весьма сильное землетрясение, необычное для северных стран: колебались Кремль и посады, дома и церкви. Все считали это предзнаменованием каких-либо ужасных событий, поэтому когда пришла весть, что великий князь отпущен из плена, то жителей Москвы охватила необычайная радость и он был встречен ими еще радушнее и торжественнее, чем при возвращении своем из Коломны.

Однако Шемяка продолжал свои козни. Он вступил в тайную связь с князьями Иваном Можайским и Борисом Тверским, а также с некоторыми московскими изменниками, во главе которых стоял боярин Старков, и усердно распускал слух, что Василий выпущен из плена на условии, что Улу-Магомет сам сядет на царство в Москве и на всех городах, а Василию в удел отдана будет Тверь. Этой выдумкой Шемяка хотел уверить всех остальных владетельных князей, что они лишатся своих отчин, а потому и должны подняться на Василия Московского.

Между тем последний, ничего не ведая об этом заговоре, отправился на богомолье в Троице-Сергиеву обитель в начале февраля 1446 года. Пользуясь его отсутствием в Москве, в ночь на 12 февраля Шемяка неожиданно овладел стольным городом, причем захватил мать и жену Василия Васильевича, оковал верных ему бояр, ограбил казну и в ту же ночь послал князя Можайского с большою толпою людей к Троице-Сергиевскому монастырю, чтобы пленить и великого князя.

Василий стоял у обедни, когда его приближенные сообщили, что Шемяка и можайский князь идут на него с ратью. Он не поверил и с негодованием заявил, что это гнусная клевета на Шемяку. Но ему скоро пришлось воочию убедиться в печальной новости при виде скачущих к монастырю во всю прыть неприятелей. Василий кинулся к конюшне, но здесь не было ни одной оседланной лошади, а все люди его оторопели от страха. Тогда он заперся в Троицкой церкви. К ней не замедлили подскакать его враги и, несмотря на то что великий князь встретил их с иконой с гроба преподобного Сергия и с горячей молитвой на устах, они грубо взяли его за плечи, связали и, посадив в сани, повезли в Москву.