Но этот стиль «чистого идейного противоборства» Ленину удалось выдерживать не всегда. «Богданов – ничтожество, которому смешно уделять много внимания», – написал он в редакцию журнала «Просвещение» в те же самые дни, когда публиковалась его статья «Об А. Богданове». Все-таки ему, конечно, не могло понравиться, что автор «Красной звезды» отводил ему место в строю «упырей» и «бессознательных рабов» Маркса.

История с «Правдой» была, по-видимому, решающим событием, которое заставило Богданова отойти от «чистой политики» и партийной работы, хотя формально из РСДРП он не выходил.

В книге «Десятилетие отлучения от марксизма. Юбилейный сборник (1904–1914 гг.)» Богданов особо подчеркивал авторитарность мышления Ленина. «Я говорю не просто о грубой властности характера – недостатке, который может быть уравновешен и исправлен влиянием товарищеской среды. Я имею в виду самый способ мышления», – отмечал он. Богданов писал о «слепой, наивной вере» Ленина «в авторитеты», которой, по его мнению, был пронизан «Материализм и эмпириокритицизм», и о его «недопустимых» приемах в полемике.

Вскоре началась Первая мировая война. Она еще больше развела их с Лениным. Ленин оставался в эмиграции, где выдвинул свой знаменитый лозунг «превращения империалистической войны в гражданскую». А Богданов эту позицию не принял: в гражданской войне он видел угрозу «расточения лучших сил народа», а шансы на совершение мировой социалистической революции считал весьма сомнительными.

Еще в октябре 1913 года Богданов вернулся в Россию, потому что по случаю 300-летия царствования династии Романовых император Николай II объявил амнистию. Она имела довольно ограниченный характер, но разрешала возвращаться политическим эмигрантам, которые покинули страну до 1 января 1909 года. Богданов как раз попадал в эту категорию.

«Вернувшись в Россию, в 1914 году был послан на фронт в качестве врача», – писал он в своей автобиографии. Служил Богданов полковым врачом, участвовал в боевых действиях. До 1915 года, когда он вернулся с фронта, о нем не было никаких известий. То, что он увидел на войне, стало серьезным испытанием для его психики. Наверняка сказались и напряжение, и переживания предыдущих лет. В общем, домой Богданов вернулся с тяжелым расстройством нервной системы и три месяца был вынужден лечиться в клинике.

После выхода из клиники Богданов служил младшим ординатором 153-го эвакуационного госпиталя, который располагался в Москве на Покровке, и получал не очень большое жалованье – чуть больше 167 рублей, при этом давал деньги на воспитание сына и помогал родителям.

За то, что он вывел из-под огня колонну раненых, его представляли к награде за храбрость, но сверху последовал отказ. Там, видимо, помнили его «революционные заслуги».

На войне Богданов своими глазами видел, как от потери крови умирают раненые солдаты. И был потрясен тем, что русская медицина не могла им помочь. Именно во время Первой мировой войны начало широко применяться переливание крови, и Богданов об этом знал. Вероятно, именно тогда к его философско-мистическим исканиям в сфере «тайн крови» прибавился и чисто практический аспект, он понял, что переливания необходимы не только для «омоложения» организма или создания «физиологического братства». Необходимо иметь хорошо организованную службу переливания крови для помощи больным и раненым во время военных действий или чрезвычайных ситуаций. Богданов считал, что эта задача имеет важнейшее государственное значение.

Богданов приветствовал Февральскую революцию 1917 года. Между февралем и октябрем он был близок по взглядам к группе меньшевиков-интернационалистов, которые выступали против войны, коалиции с буржуазными партиями, а также против власти Советов и курса на социалистическую революцию, который провозгласил Ленин. Богданов в эту группу не входил (ее наиболее известным представителем был Юлий Мартов), но активно печатался в популярной тогда газете «Новая жизнь».