Подавление путча создало предпосылки государственного переворота, совершенного в этом же году частью республиканских элит и закончившегося распадом Советского Союза. Однако этот акт был не вполне завершенным. Ельцину его сторонники предлагали сразу же распустить Советы и провести выборы в новые представительные органы власти. Однако это создавало слишком сильную неопределенность. Не было очевидно, что новые легислатуры, получив «демократическую» легитимацию, поддержат президента и предлагаемые им реформы, тем более что еще в августе 1991 г. указом главы государства была установлена должность руководителя администрации региона России (край, область, автономная область, автономный округ). Главы администраций заменили председателей исполнительных комитетов Советов народных депутатов. Логика введения нового института была прозрачна – обеспечить контроль над ресурсами и элитами регионов. В 1991–1993 гг. главы администраций регионов назначались президентом России, кандидатуру главы администрации должен был одобрить Совет народных депутатов региона. Исключение существовало для избранных мэров Москвы и Санкт-Петербурга, а также для глав республик в составе Федерации. Также в каждом регионе в соответствии с распоряжением президента Российской Федерации от 2 сентября 1991 г. назначался представитель президента РСФСР.

Пятый съезд народных депутатов РСФСР 28 октября наделил Ельцина «чрезвычайными полномочиями» для проведения реформ сроком до 1 декабря 1992 г. Президент совмещал функции председателя правительства, его указы приравнивались к законам. Попытка продлить полномочия в конце 1992 г. привела к острому конфликту с парламентом, который с трудом удалось погасить благодаря посредничеству председателя Конституционного суда.

Одним из принципиальных решений по усилению контроля над обществом в духе советского централизма был Указ № 289 «Об образовании Министерства безопасности и внутренних дел РСФСР» от 19 декабря 1991 г., которым упразднялись Министерство внутренних дел РСФСР и Агентство федеральной безопасности РСФСР. Создание силового суперминистерства встретило сильную оппозицию в Верховном Совете и среди демократической общественности. Новая институция очень походила на НКВД при Сталине и Берии. Группа депутатов направила ходатайство в Конституционный суд, который 14 января 1992 г. признал указ президента не соответствующим Конституции. На следующий день указ был отменен.

Стремление централизовать власть и обеспечить монополию элитным группам, оказавшимся у власти, наталкивалось на противодействие не только на федеральном уровне. Далеко не везде представители президента реально участвовали в принятии существенных решений. Региональные элиты также выстраивали свою властную иерархию, используя схожие с центром методы.

Конфликты с региональными элитами и слабость центральной власти привели к подписанию 31 марта 1992 г. Федеративного договора между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти субъектов Федерации о разграничении предметов ведения и полномочий. Некоторые регионы добились значительных уступок со стороны федерального центра, провозгласив суверенитет в рамках существующего государства (по аналогии с союзными республиками в СССР). Особенно территориальная фрагментация политического пространства усилилась во второй половине 1990-х годов. Именно в это время очень много говорили и писали о регионализации России, возможной конфедерализации и даже распаде. Эти сюжеты даже вошли в отечественные учебники по политологии того времени. Центральная власть не могла воспрепятствовать достаточно свободному поведению региональных элит