Иезуитское образование воздействовало на Лихудов с двух сторон: косвенно, через их венецианского учителя Герасима Влахоса и его учебники, и прямо, через использовавшиеся ими иезуитские труды (например, по риторике и натуральной философии). Между двумя этими процессами, то есть прямым и косвенным заимствованием иезуитских учений, трудно провести четкую грань, поскольку по большей части они происходили одновременно. Понятно, что Лихуды (в большей степени, чем Влахос, который все же преподавал в более «либеральной» атмосфере Венеции) адаптировали свои уроки к потребностям и запросам православной культурной среды Московского государства. Так, приступая к преподаванию какого-либо предмета, они обычно провозглашали приверженность Аристотелю и свое согласие с его взглядами в той мере, в какой они не противоречат основным догматам восточного православия. Они превозносили достоинства греческой мудрости, как античной (Аристотель), так и православной (отцы церкви). И все же эти оговорки и заявления в значительной степени были показными, поскольку в преподавании братья во многом сохраняли верность латинским авторам. Выражаясь точнее, Лихуды выцеживали греческую мудрость из западных источников. Когда Иоанникий и Софроний на уроках риторики и философии ссылались на греческих отцов церкви, они следовали примеру западных учителей. Также и Аристотель Лихудов не был ни изначальным Аристотелем (вопреки заверениям Лихудов на этот счет), ни Аристотелем византийцев; они преподавали иезуитский аристотелизм: томистский в том, что касается элементарного интерпретативного подхода, но вместе с тем и эклектический, вобравший элементы из других философских систем, а также учитывавший некоторые астрономические и математические достижения конца XVI – начала XVII века. Таким образом, учебная программа лихудовской академии была по сути программой иезуитских коллегий XVII века в православном обличье.

Прочие греческие просветительские начинания XVII века как на Западе, так и на греческом Востоке тоже по большей части ориентировались на иезуитские образцы, даже если их инициаторы сознательно старались дистанцироваться от латинских учений в вопросах догматики и благочестия. Иначе и не могло быть, поскольку образование приходило к грекам главным образом с латинского Запада или от обучавшихся там ученых мужей. С этой точки зрения лихудовская академия полностью соответствует греческим образцам среднего и высшего образования в эпоху раннего Нового времени. Только в этом смысле Лихудов можно рассматривать и как представителей греческой элитарной культуры. Это была не окостенелая византийская культура, в основе которой лежали изучение греческих отцов церкви и монашеская духовность. На эту культуру очень сильно повлияли ренессансные и барочные интеллектуальные течения, оставившие неизгладимый отпечаток на греческих философских и богословских работах того времени. Если говорить конкретно о среднем и высшем образовании, эти влияния частично вылились в подражание иезуитским просветительским моделям и их заимствование греками256. У нас нет всестороннего исследования на тему о том, сколь многим греческие православные учебные заведения XVII и XVIII веков как на Западе, так и на православном Востоке были обязаны именно иезуитским просветительским моделям и практикам. Безусловно, эти модели упоминаются в случае школ для греков, основанных иезуитами (или под их влиянием) на православном Востоке и в Италии257. Однако иезуитское влияние в сфере образования выходило далеко за рамки учебных заведений, управлявшихся римскими католиками.