Патриарх Адриан, потрясенный обвинениями Петра Артемьева в адрес его бывших учителей, в июне 1698 года решил перевести Иоанникия и Софрония в Новоспасский монастырь. Этот перевод, несомненно, не привел ни к полному удалению Лихудов из русской интеллектуальной жизни, ни к прекращению их деятельности на ниве преподавания итальянского языка. В конце концов, их новым местом жительства был крупный столичный монастырь – усыпальница правившей в России династии Романовых. В Новоспасском монастыре братья занимались сочинением панегириков и антипротестантских полемических трудов. В 1704 году по приказу царя они были переведены из Москвы в Кострому: русское правительство ожидало прибытия османского посла и стремилось предотвратить любые возможные контакты между его свитой и московскими греками. Иоанникий и Софроний два года прожили в Костроме в Ипатьевском монастыре (там они создали расширенную версию своей греческой грамматики), а в 1706 году новгородский митрополит Иов подал царю прошение об их переводе в столицу своей епархии. Иов – один из самых просвещенных церковных иерархов того времени в России – был заинтересован в основании учебных заведений в своих владениях и считал двух греческих учителей подходящими для этого дела. Иоанникий и Софроний не обманули его ожиданий и (особенно первый) внесли немалый вклад в просветительские инициативы Иова. Новгородская школа была создана по образцу Славяно-греко-латинской академии, хотя в ней обучали только предметам начального уровня – грамматике, поэтике и риторике – и преимущественно на греческом и церковнославянском языках. Тем не менее в ней преподавали и латынь, о чем свидетельствует дошедший до нас в греческом и частично в латинском варианте написанный в то время Иоанникием учебник риторики, а также похвальбы самого Иова в его переписке. Главным преподавателем школы оставался Иоанникий, так как Софроний в конце 1707 года отбыл в Москву. Однако в школе имелись также другие учителя церковнославянского. Школа готовила главным образом переводчиков и преподавателей, из которых часть преподавала в Новгороде и в других школах в 1720‐е и в 1730‐е годы, а часть ушла в священники. Кроме того, Софроний (до своего отъезда), Иоанникий и некоторые из их учеников принимали участие в масштабной работе по переводу богословских и полемических трудов ряда византийских и поствизантийских авторов с греческого на церковнославянский, проходившей главным образом под покровительством митрополита Иова. Впрочем, несмотря на все старания Иова, большинство этих переводов так и не было издано240. Кроме того, Лихуды создали новые или переработали старые варианты учебников грамматики и риторики на основе тех, что они сочинили сами или составили в годы работы в академии. Помимо преподавательской деятельности, в Новгороде братья переводили итальянские и латинские тексты по приказу царя Петра I.

4 января 1708 года царь Петр издал указ, согласно которому Иоанникию и тем, кто вместе с ним был отправлен в Новгород, надлежало вернуться в Москву, где уже находился Софроний, чтобы преподавать греческий язык в московских школах. Указом, изданным на следующий день, детям священников и дьяконов предписывалось учиться в греческих и латинских школах под угрозой утраты церковных должностей241. И все же Иоанникий остался в Новгороде, а Софроний – в Москве, где он возглавил школу греческого языка, открывшуюся в 1707 году на Казанском подворье (резиденции митрополита Казанского в Москве). Наряду со Славяно-греко-латинской академией и другими учебными заведениями, функционировавшими тогда в Москве, эта школа в 1711 году была отдана из ведения Монастырского приказа в ведение Московского печатного двора. Ее учебная программа включала грамматику, риторику и логику, а большинство ее учеников, судя по всему, были сыновьями священников