Софроний, учившийся у Влахоса и Кал(л)удиса, также получил докторскую степень по ятрофилософии в Падуанском университете. Падуя имела давнюю историю новаторских и, в некоторых случаях, радикальных подходов к аристотелизму, начало которой восходит к XV веку. Университет, в котором подготовку к получению докторской степени венчали изучение права и в особенности медицины, пользовался немалыми свободами и процветал, тем более что венецианские власти стремились пресечь вмешательство папы в дела республики. В конце XVI – начале XVII века он стал пристанищем для ученых, преподававших учение Аристотеля без оглядки на ограничения, которые накладывала теология. В учебном курсе университета основное внимание уделялось сочинениям Аристотеля по физике и методологии науки, а не его метафизике. В итоге здесь преподавали куда более натуралистическую физику (конечно, качественную, в духе Аристотеля), чем в других учебных заведениях, причем этот подход сочетался с серьезным вниманием к методологическим проблемам при изучении мира природы. К тому моменту, когда в университет поступил Софроний, такого рода аристотелизм уже стал подвергаться нападкам со стороны картезианцев и экспериментальной науки. Более того, он сдавал позиции уже в самом Падуанском университете. Трудно сказать, в какой степени падуанская физическая школа (какими бы ни были ее контуры к середине XVII века, когда в штате университета состояли Коттуний и другие) оказала влияние на Софрония. Впрочем, показательно, что, когда Софронию пришлось выбирать учебники по физике для московских студентов, он отдал предпочтение тому из них, «автором» которого значился его брат Иоанникий, насквозь проникшийся томистским прочтением Аристотеля, характерным для иезуитских мыслителей. Именно аристотелизм иезуитских школ диктовал философскую ориентацию учебной программы Славяно-греко-латинской академии144.

О последующем периоде в жизни братьев, с 1670 по 1683 год, существующие источники дают лишь отрывочные сведения. Как утверждали сами Иоанникий и Софроний, они преподавали и занимали административные должности на Кефалинии, в то время как Софроний также недолгое время преподавал в Арте, но в источниках почти не содержится подробностей на этот счет. В 1670‐е годы Иоанникий (под именем Иоанн, еще до принятия монашеского обета) служил священником в церкви Св. Спиридона в Ликсури и одновременно учителем в школе, преподавая греческий и латынь145. Илиас Цицелис ставит под сомнение правдивость их заявлений о преподавании и исполнении административных функций, поскольку в независимых источниках не содержится подтверждений ни тому, что Софроний был инспектором школ на острове, ни тому, что Иоанникий являлся представителем александрийского патриарха Парфения I на Кефалинии146. Вполне возможно, что братья, будучи гражданами Венецианской республики, исполняли какие-то административные обязанности, особенно связанные с юридическими делами147. То, что Софроний после 1679 года недолгое время преподавал в школе в Арте, выглядит более правдоподобным, но его пребывание там оказалось недолгим из‐за эпидемии чумы148. К 1680 году братья Лихуды вновь оказались на Кефалинии. В показании, поданном в Посольский приказ по прибытии в Москву, они сообщали, что на Кефалинии проживали в монастыре Панагия-Иерия. Это был довольно богатый монастырь (о чем свидетельствуют налоговые ведомости того времени), и с ним братья были связаны особенно тесно. В письме 1709 года, адресованном священнику Евстафию Ликудису, Иоанникий и Софроний завещали монастырю землю, унаследованную ими после смерти сестры, а также давали подробные указания о том, что сделать с церковью снаружи и внутри