В том, что касается образования самих Иоанникия и Софрония, свидетельства порой противоречат друг другу, тем более что в России они оба говорили об этом лишь в самых общих выражениях, за исключением докторской степени Софрония. Лихуды указывали, что, получив начальное образование на Кефалинии, где их наставником был местный священник, они обучались философии и теологии в Венеции под руководством Герасима Влахоса (1605/1607–1685), затем у племянника Влахоса Арсения Кал(л)удиса (ум. 1693) в Коттунианской коллегии в Падуе, а Софроний учился еще и в Падуанском университете125. Б. Л. Фонкич частично оспаривает эти утверждения, отталкиваясь от противоречий в хронологии. Так, он указывает, что разница в возрасте не позволила бы братьям одновременно учиться у Герасима Влахоса. Кроме того, он сомневается, мог ли учиться у Влахоса 9-летний мальчик, каким был на тот момент Софроний126. Однако, если год рождения Софрония указан верно, эти сомнения не обоснованны, так как в то время было обычной практикой отдавать маленьких мальчиков в обучение к немолодому и известному наставнику127. Действительно сомнительно, чтобы Влахос учил Софрония философии и теологии, но тот вполне мог обучаться у него грамматике. Обладателем докторской степени Падуанского университета, полученной в 1670 году, считается лишь Софроний, однако в регистрационных книгах Падуанского университета имя Софрония Лихуда (Licoudis) не встречается до 1669 года. В 1663–1669 годах единственным студентом Падуанского университета с фамилией Licudi был Симеон (Simeonus/Simeon Licudi)128. В сохранившихся нотариальных документах с Кефалинии не значится никакого Симеона, в связи с чем встает вопрос о том, какое имя Софроний получил при крещении: Симеон или Спиридон? В письме, отправленном братьями в 1709 году на Кефалинию своему родственнику, священнику Евстафию Ликудису, Иоанникий и Софроний просили его о заупокойных службах по их усопшим родственникам. В представленном ими списке имен сразу же после их матери и отца следует имя Спиридон. Согласно одной из гипотез, братьев могло быть трое, причем третий, Спиридон, возможно, умер в молодости, после чего Спиридоном стали звать Софрония, который был крещен как Симеон