Следующей важной вехой в исследовании первого периода деятельности академии стал труд М. Н. Сменцовского, посвященный биографии Лихудов. Хотя автор неотступно следует С. К. Смирнову, его труд все же внес огромный вклад в представления о деятельности Лихудов в России21. В своей всеобъемлющей работе о Лихудах Сменцовский пытался проследить всю их жизнь в России, в ходе своих изысканий выявив новые важные архивные материалы. Кроме того, он уделяет немалое внимание институциональным рамкам академии и лихудовским учебникам. И все же он остается в зависимости от текста Смирнова и потому в целом недооценивает значение сделанных им открытий. При всем значении его вклада он не приводит сколько-нибудь глубокого разбора преподавательской деятельности Лихудов. Более того, Сменцовский, как и Смирнов за много лет до него, опирался в первую очередь на лихудовскую полемику при анализе вклада его героев в русскую культуру 1680–1690‐х годов. В итоге Сменцовский изображает Лихудов главным образом стороной яростного конфликта, ключевого в жизни Русской православной церкви в конце 1680‐х годов, – как защитников православной интерпретации пресуществления, сопровождающего евхаристию. Соответственно, Лихуды помещаются в число основных фигур «грекофильского» лагеря в русской церкви, боровшегося против «латинизаторских» тенденций при дворе Софьи Алексеевны и среди ее сподвижников, включавших ряд украинских, белорусских и русских духовных лиц. В действительности вовсе не Сменцовский первым поставил в центр внимания полемические труды Лихудов: он позаимствовал этот подход у других историков церкви, работавших в конце XIX века, – у Смирнова и Мирковича. Однако книга Сменцовского о Лихудах приобрела статус их авторитетной биографии и стала поэтому стандартной точкой отсчета для интерпретаций у авторов всех последующих исследований о Лихудах. Несмотря на изображение Лихудов как «грекофилов», их биография авторства Сменцовского по-прежнему не имеет себе равных.

После революции интерес к академии пошел на убыль, несмотря на то что советские и постсоветские историки внесли серьезный вклад в изучение истории образования в России. С 1917 по 1980‐е годы появилось совсем немного работ, касавшихся лихудовского периода академии. Изучая документы Патриаршего казенного приказа, А. И. Рогов обнаружил новые архивные данные о составе учащихся академии22. А. П. Богданов предпринял попытку проанализировать то, что он называл «культурной борьбой» между консервативным обскурантизмом (представителями которого он считает Лихудов и патриарха Иоакима) и западным проторационализмом (воплощенным в лице их противников в конфликте по поводу евхаристии, в первую очередь Сильвестра Медведева)23. Тем самым Богданов использует и развивает уже существующую дихотомию «грекофильство – латинофильство» и идет еще дальше, анахронистически подавая ее как конфликт религиозного и светского. Помимо этого, в первой в истории работе, где проводится систематический разбор лихудовских учебников, Д. А. Яламас изучает труды Лихудов по греческой грамматике и их источники24. Яламас подверг анализу лингвистические взгляды двух братьев, обнаружил новые важные материалы по составу студентов академии и опубликовал ряд речей Лихудов. Его ценный вклад в первую очередь связан с учебниками братьев по грамматике и в целом не затрагивает учебной программы академии. Более того, Яламас в своем анализе решительно относит эти учебники к тому, что он называет византийской и поствизантийской традицией греческой грамматики, в то же время предлагая лишь несколько заманчивых ссылок на просматривающиеся в учебниках Лихудов возможные латинские влияния. Действительно, в докторской диссертации и в своих опубликованных трудах Яламас не затрагивает вопроса о степени западных, латинских влияний