Сочетая обширную практику с университетскими лекциями и руководством факультетом, Мухин стремился поставить российские медицинские учебные заведения на европейский уровень. Он оказывал помощь многим талантливым, но бедным студентам, содержал на свои средства значительное количество врачей, готовившихся к профессуре и к практике в госпиталях. Вникая во все детали учебного процесса, Мухин создавал базу для развития медицинской науки на факультете: составлял проекты реорганизации медицинского факультета, переоборудовал анатомический театр, открыл специальную медицинскую библиотеку, в которой студенты могли ознакомиться с новейшей, в том числе иностранной, литературой по медицине. Понимая необходимость учиться у европейских ученых, Мухин финансировал молодых выпускников, выезжавших за границу.

Свои лекции Ефрем Осипович Мухин вел в виде свободной беседы. Он разбирал функции отдельных органов и тут же высказывал идею целостности организма: «Иные считают, будто болезнь поражает отдельную часть тела. Полагаю, что не так. Все части тела человеческого имеют взаимное между собой сообщение». Повороты в его лекциях бывали иной раз совсем неожиданными. Как-то раз Мухин замолчал, не окончив рассуждения, помедлил и сказал совсем о другом: «Народное здравие немыслимо без хороших жилищ, одежды, питания. Врач, ставящий превыше всего пользу отечеству, должен думать и о сих предметах. Ныне в деревнях неурожай. Голод. Вот и взял я себе задачей отыскать заменители хлебных злаков».

Мудров, Мухин, Лодер… Их именами, по словам Пирогова, мог гордиться Московский университет того времени. Трудами этих ученых, трудами их коллег закладывались основы передовой русской медицины, основы патологической анатомии, физиологии, терапии.

Правда, обучение в университете было очень далеко от практики, о чем Николай Пирогов весьма сожалел. Лодер препарировал трупы, но сам студент Пирогов изучал анатомию по картинкам и не вскрыл ни одного трупа. Мудров ратовал за практику, не уставал говорить о врачебном опыте, но студент Пирогов написал всего одну историю болезни единожды виденного больного. Мухину не трудно было в лекциях переходить с одного предмета на другой, потому что он накопил в больнице и у операционного стола множество знаний. Но студент Пирогов за годы учения не сделал ни одной операции, даже кровопускания, он только описывал операции в тетради.

Тем не менее Пирогов писал в своих воспоминаниях: «Но, несмотря на комизм и отсталость, у меня от пребывания моего в Московском университете вместе с курьезами разного рода остались впечатления, глубоко, на целую жизнь врезавшиеся в душу и давшие ей известное направление на всю жизнь».

Именно это «направление на всю жизнь» и дали ему его университетские учителя. Еще один человек, несомненно, способствовал этому – это отец, Иван Иванович Пирогов. Но сыну было суждено рано потерять отца.

Набор хирургических инструментов середины XIX в.

Чтобы свести концы с концами, Иван Иванович вел частные дела, старался, как мог, пытался снова подняться до более-менее высокого материального уровня. Но он заболел, стал задыхаться по ночам и вскоре умер. Семья осталась без дома, заботу о ней взял на себя троюродный брат отца Андрей Филимонович Назарьев. Андрей Филимонович служил заседателем в суде, сам был беден и обременен семьею, но он привез родню к себе и уступил мезонин с чердачком.

У Андрея Филимоновича Пироговы жили год. Совестились, потому что и сам дядюшка перебивался с трудом, допоздна сидел на работе и приносил домой кипы бумаг. Он водил иногда Николая в трактир – чай пить, а однажды, повздыхав, купил ему сапоги. Пирогов вспоминал: «Мой дядюшка, – так я называл, – Андрей Филимонович был добрейшее и тишайшее существо тогдашнего чиновничьего мира; небольшого роста от природы, даже еще согнувшийся от постоянного писанья, он был истинный тип небольшого чиновника-муравья. Андрей Филимонович говорил мало и тихо; все его наслаждения ограничивались слушанием птичьего пения во время письменной работы, покуриванием табаку из длинного чубука с перышком вместо мундштука и чаепитием».