Они обвенчались в июне 1850 года. Медовый месяц молодые провели в имении баронессы Бистром. Но как! Николай Иванович долгие часы выстаивал у походного операционного стола, оперировал, а ему ассистировала молодая жена – Александра Антоновна.

Семейная жизнь не была для Пирогова на первом месте, потому что это первое место на протяжении всей его жизни прочно занимала работа. Но и на втором месте семейная жизнь тоже не была, потому что там тоже стояла работа. И о третьем месте тоже спрашивать не надо. Все шло по-прежнему: он разработал методику использования гипса в хирургии, создал атлас «Иллюстрированная топографическая анатомия распилов, проведенных в трех направлениях через замороженное человеческое тело», руководил кафедрой, занимался в Анатомическом институте, лечил в клинике тысячи больных, оперировал, конструировал и выпускал медицинские инструменты, писал книги и статьи. Но теперь у него был прочный тыл – семья, в которой его любили, понимали и заботились о нем.

Когда в 1853 году началась Крымская война, Пирогов счел своим гражданским долгом отправиться в Севастополь и добился назначения в действующую армию. За время обороны Севастополя Пироговым было сделано более 5000 операций.

В те трудные военные дни Николай Иванович проявил себя великолепным организатором. Он предложил делить раненых на пять категорий: «безнадежные и смертельно раненые; тяжело и опасно раненые, требующие безотлагательной помощи; тяжело раненые, требующие также неотлагательного, но более предохранительного пособия; раненые, для которых непосредственное хирургическое пособие необходимо только для того, чтобы сделать возможною транспортировку; и, наконец, легко раненые, или такие, у которых первое пособие ограничивается наложением легкой перевязки или извлечением поверхностно сидящей пули».

Сам Пирогов потом вспоминал: «Я убежден из опыта, что к достижению благих результатов в военно-полевых госпиталях необходима не столько научная хирургия и врачебное искусство, сколько дельная и хорошо учрежденная администрация. К чему служат все искусные операции, все способы лечения, если раненые и больные будут поставлены администрацией в такие условия, которые вредны и для здоровых… От администрации, а не от медицины зависит и то, чтобы всем раненым без изъятия и как можно скорее была подана первая помощь, не терпящая отлагательства…

Часто я видел, как врачи бросались помочь тем, которые более других вопили и кричали, видел, как они исследовали долее, чем нужно, больного, который их интересовал в научном отношении, видел также, как многие из них спешили делать операции, а между тем, как они оперировали нескольких, все остальные оставались без помощи, и беспорядок увеличивался все более и более… Без распорядительности и правильной администрации нет пользы и от большого числа врачей, а если их к тому еще мало, то большая часть раненых остается вовсе без помощи».

В первом письме из Севастополя 14 ноября 1854 года Пирогов писал жене: «Приехал в Севастополь 12 числа и спешу тебя уведомить, милая Саша, что, слава Богу, жив и невредим. Подробное письмо начал было писать вчера, но не успел окончить; завтра едет фельдъегерь, а мне некогда; с 8 часов утра до 6 часов вечера остаюсь в госпитале, где кровь течет реками, с лишком 4000 раненых. Скоро поеду в Симферополь навстречу сестрам милосердия; устал, лежу и пью чай; погода сегодня, как в августе или в конце июля у нас, но зато вчера целый день шел дождь.…Слышится треск бомб и ядер к вечеру, но не слишком часто. Дела столько, что некогда и подумать о семейных письмах.