После ухода преподобного Афанасия в созданной им Лавре царил хаос и безначалие. Поэтому монахи, увидев своего отца и пастыря, возрадовались великой радостью. Радовались и многие другие святогорцы, посещавшие Лавру, желая беседовать с преподобным.

Чрез некоторое время преподобному Афанасию по монастырским нуждам пришлось отправиться в Константинополь. Император Никифор Фока очень обрадовался его приезду. Он просил у преподобного прощения за нарушение обета. Преподобный радовался, видя его покаяние, и советовал императору, чтоб он прощал согрешившим против себя и был милостив к бедным.

Император Никифор убедил преподобного продолжить строительство и издал ряд хрисовулов, касавшихся Лавры, из которых сохранился только один, от 964 года. Император передал Афанасию для Лавры частицу Честного Древа, главу святителя Василия Великого и мощи других святых.

Проведя несколько дней в душеполезных беседах с императором и позаботившись обо всех монастырских нуждах, Афанасий оставил столицу. Прощаясь с преподобным Афанасием, царь дал ему хрисовул на ежегодное получение с острова Лемноса дани – двухсот сорока четырех златых монет, тогда же даровал он Лавре Афанасия и большой монастырь в Фессалониках. В другом хрисовуле Никифор назначил Афанасия игуменом Лавры с 80 монахами и постановил, что Лавра должна навсегда оставаться независимым монастырем, не подчиняясь ни светским, ни церковным лицам. Кроме того, по просьбе преподобного Афанасия, император Никифор назначил ежегодное пожертвование на нужды храма в Карее.

Вернувшись в свою обитель, преподобный Афанасий наладил хозяйство. Одним из аспектов своего служения он считал странноприимство. С целью приема паломников он решает устроить хорошую пристань близ обители. Как всегда преподобный принимал участие во всех работах. Во время строительства с преподобным Афанасием произошел несчастный случай: братья, несшие бревно, не удержали его, и оно упало прямо под ноги преподобному. В результате одна нога преподобного Афанасия была сломана в двух местах – в голени и лодыжке. После этого несчастного случая преподобный Афанасий долго не мог оправиться.

Но даже в болезненном состоянии преподобный Афанасий не желал оставаться праздным, занимаясь переписыванием книг. За шесть дней он переписывал псалтирь, а за сорок – патерик.

По-прежнему являясь настоятелем обустраивающейся и одновременно процветающей Лавры, не оставлял преподобный и активной хозяйственной деятельности. Эта деятельность преподобного Афанасия вызывала раздражение афонских отшельников. Они считали, что преподобный Афанасий, пользуясь покровительством императора, нарушает извечные правила жизни, ущемляет свободу насельников Афонской Горы.

И вот покровитель преподобного Афанасия – император Никифор был убит 10 декабря 969 года. Новым императором стал Иоанн I Цимисхий. Неприятели преподобного решили воспользоваться этими обстоятельствами. Делегация монахов-отшельников во главе с преподобным Павлом Ксиропотамским отправилась в Константинополь. Они обвинили преподобного Афанасия в том, что он наполнил Афон мирской суетой и сделал его похожим на мирские поселения.

Император Иоанн, получив жалобу, заинтересовался этим делом. Он вызвал преподобного Афанасия в Константинополь. Приехав в столицу, Афанасий встретился с императором и отчитался во всем, что было им сделано. Рачительность преподобного привела в восторг Иоанна Цимисхия. Тем не менее, разбирательство было продолжено, и на Афон был направлен настоятель Студийской обители Евфимий. Он также пришел в полный восторг от хозяйственной и богослужебной рачительности преподобного. Об этом был составлен и представлен императору доклад. Во избежание дальнейших споров между афонскими монахами был составлен афонский устав, так называемый Типикон Иоанна Цимисхия, или «Трагос» (971–972). Кроме того, император Иоанн Цимисхий не только подтвердил все хрисовулы императора Никифора, но и приказал ежегодно выдавать Лавре преподобного Афанасия по 244 золотых номисмы.