После Артемисия, когда персидский флот пошел на юг, жители Афин продемонстрировали в ответ на угрозу вторжения самопожертвование и дисциплинированность, сравнимые с теми, которые проявили москвичи, оставлявшие свой город при приближении Наполеона в 1812 г. Фемистокл уговорил бо́льшую часть населения Афин покинуть город и укрыться на островах Саламин и Эгина либо в порту Трезена, расположенном к юго-западу от Афин, на противоположном берегу залива Сароникос. Для этого, если верить Геродоту, великому военно-морскому стратегу нужно было убедить сограждан в правильности его собственного толкования загадочного изречения дельфийской жрицы. Хотя афинянам угрожают страшные беды и утраты, сказала она, их защитят «деревянные стены». Фемистокл понял это пророчество так, что граждане города найдут защиту не в наземных укреплениях, а во вновь построенном им флоте.

Ясно, однако, что исход населения не был поголовным. Некоторые, возможно, предпочли остаться в городе по своей воле, а другим, возможно, было приказано остаться. По несколько путаному, но все же информативному рассказу Геродота кажется, что, когда персы приступили к уничтожению священной твердыни, на Акрополе и в его окрестностях оставалось несколько категорий людей. Там были жрицы, охранявшие самые священные места, хотя один из наиболее почитаемых предметов, деревянную статую Афины, заблаговременно увезли. Были и наиболее упорные защитники города, не поверившие в предложенное Фемистоклом толкование пророчества о деревянных стенах. Кроме того, как и при любой поспешной эвакуации, наверняка были и те, у кого не было физических сил бежать.

Штурм Афин возглавил сам Ксеркс. Он велел своим воинам занять позиции на холме Ареопага, рядом с западным склоном Акрополя. Искусные персидские лучники обернули свои стрелы грубой тканью, зажгли их и послали в направлении священной цитадели, надеясь поджечь деревянные укрепления. Но защитники Скалы держались стойко, забрасывая всех приближавшихся к ним камнями и обломками мрамора – предположительно найденными на месте неоконченного строительства. Наконец несколько персов проникли на Скалу, поднявшись от пещерного святилища Аглавры; этот маршрут часто служил путем на самую священную возвышенность города. Некоторые из защитников в отчаянии бросились со Скалы; другие попытались спрятаться.

Добравшись до плато, считавшегося неприступным, персы без разбору перебили тех, кого там нашли, сожгли здания и разбили статуи. Немецкие археологи, проводившие на этом месте раскопки в XIX в., придумали для описания обломков, оставшихся после этой оргии разрушения, в том числе многочисленных великолепных предметов черно- и краснофигурной керамики, посвященных Афине, термин Perserschutt, то есть «персидский мусор». Все, что было изготовлено из золота, серебра или бронзы, было переплавлено или по возможности увезено в Персию.

Захватчики не проявили уважения к тому сверхсвященному месту, на котором Афина и Посейдон состязались за право быть верховным покровителем города: они подожгли ту самую оливу, которая, как считалось, выросла по приказанию богини. Откуда они знали, что и где находится на Акрополе? Геродот твердо уверен, что в составе персидского войска были озлобленные афиняне, все еще тосковавшие по временам правления Писистрата и его сыновей. По-видимому, они считали иноземное вторжение лучшим средством восстановить свое собственное господство над городом.

Будь то из собственного подсознательного почтения Ксеркса ко всему священному или из его сочувствия афинским друзьям, но в некоторый момент он, по-видимому, усомнился в своей правоте. Может быть, ему показалось, что святотатство зашло слишком далеко; а может быть, он ощутил потребность восстановить святость Скалы. Как сообщает Геродот, он призвал к себе афинских изгнанников, сопровождавших его войско, и велел им подняться на Акрополь и принести жертву по освященному веками обряду. Вскоре вернувшиеся изгнанники почувствовали, что божественные силы, всегда присутствовавшие в этом священном месте, все еще оставались там: